UGM diresmikan oleh Pemerintah Republik Indonesia di Yogyakarta pada tanggal 19 Desember 1949. Pada saat pendiriannya, UGM mempunyai 6 fakultas, yaitu:
- Fakultas Kedokteran, yang di dalamnya termasuk Bagian Farmasi, Bagian Kedokteran Gigi dan Akademi Pendidikan Guru Bagian Kimia dan Ilmu Hayati.
- Fakultas Hukum, yang di dalamnya termasukAkademi Keahlian Hukum, Keahlian Ekonomi dan Notariat, Akademi Ilmu Politik dan Akademi Pendidikan Guru Bagian Tata Negara, Ekonomi dan Sosiologi.
- Fakultas Teknik, yang di dalamnya termasuk Akademi Ilmu Ukur dan Akademi Pendidikan Guru Bagian IImuAlam dan Ilmu Pasti.
- Fakultas Sastra dan Filsafat, yang di dalamnya termasuk Akademi Pendidikan Guru Bagian Sastra.
- Fakultas Pertanian, yang di dalamnya termasukAkademi Pertanian dan Kehutanan.Â
- Fakultas Kedokteran Hewan.
Berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 37 Tahun 1950 tanggal 14 Agustus 1950 (Peraturan Sementara tentang UGM), UGM mempunyai 6 fakultas, yaitu:
- Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi.
- Fakultas Hukum, Sosial dan Politik.Â
- Fakultas Teknik.
- Fakultas Sastra, Pedagogik dan Filsafat.
- Fakultas Pertanian.
- Fakultas Kedokteran Hewan.
Pada tanggal 19 Juli 1952 di Surabaya dibuka cabang Fakultas Hukum, Sosial dan Politik. Cabang Surabaya ini pada bulan November 1954 dilepaskan dan dimasukkan sebagai salah satu fakultas pada Universitas Airlangga.
Pada tahun 1952 Fakultas Hukum, Sosial dan Politik ditambah dengan Bagian Ekonomi, sehingga menjadi Fakultas Hukum, Ekonomi, Sosial dan Politik (HESP). Pada bulan September tahun itu juga, Fakultas Pertanian ditambah dengan Bagian Kehutanan, sehingga Fakultas ini menjadi Fakultas Pertanian dan Kehutanan.
Perubahan-perubahan yang agak besar terjadi sejak bulan September 1955. Selain perubahan nama Universitit menjadi Universitas dan Fakultit menjadi Fakultas, Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi dipisahkan menjadi Fakultas Kedokteran dan Kedokteran Gigi dan Fakultas Farmasi. Selain itu, bagian Bakaloreat Biologi Fakultas Kedokteran, Kedokteran Gigi dan Farmasi ditingkatkan menjadi Fakultas Biologi. Fakultas Hukum, Ekonomi, Sosial dan Politik dikembangkan menjadi tiga Fakultas, yakni Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi, dan Fakultas Sosial dan Politik. Bakaloreat Ilmu Pasti dan. Bakaloreat Ilmu Alam Bagian Sipil Fakultas Teknik dijadikan Fakultas Ilmu Pasti dan Alam. Fakultas Sastra, Pedagogik dan Filsafat berkembang menjadi tiga Fakultas, yaitu Fakultas Sastra dan Kebudayaan, Fakultas Ilmu Pendidikan, dan Fakultas Filsafat. Fakultas Ilmu Pendidikan mempunyai dua bagian, yaitu Bagian Pendidikan dan Bagian Pendidikan Jasmani. Fakultas Kedokteran Hewan diubah namanya menjadi Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan.
Pada tahun 1960 Fakultas Kedokteran dan Kedokteran Gigi berkembang menjadi Fakultas Kedokteran dan Fakultas Kedokteran Gigi. Pada tahun 1961 salah satu Jurusan pada Fakultas Ilmu Pendidikan bersama dengan Kursus BI dan Bit ditingkatkan menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP). Pada tahun 1962 Bagian Pendidikan Jasmani pada Fakultas Ilmu Pendidikan ditingkatkan menjadi Fakultas Pendidikan Jasmani.
Untuk memberikan pendidikan umum yang kuat bagi semua fakultas, didirikan pula Fakultas Umum, dan digabungkan dengan Fakultas Filsafat menjadi Gabungan Fakultas Umum dan Fakultas Filsafat. Pada tahun 1961 Fakultas Filsafat dibubarkan dan pada tahun 1962 Fakultas Umum juga dibubarkan. Pada tahun 1963 didirikan Biro Penyelenggaraan Kuliah-kuliah Khusus untuk melaksanakan tugas yang semula menjadi tugas Gabungan Fakultas Umum dan Fakultas Filsafat. Pada tahun 1963 itu juga Fakultas Pendidikan Jasmani diserahkan kepada Departemen Olah Raga dan menjadi Sekolah Tinggi Olah Raga (STO). Mash dalam tahun itu juga Bagian Kehutanan Fakultas Pertanian ditingkatkan menjadi Fakultas Kehutanan, demikian pula Seksi Teknologi dan Seksi Kultur Teknik menjadi Fakultas Teknologi Pertanian, sedangkan Jurusan Geografi pada Fakultas Sastra dan Kebudayaan ditingkatkan menjadi Fakultas Geografi.
Dengan berdirinya Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) pada tahun 1964, maka dalam tahun itu juga FKIP diintegrasikan ke dalam IKIP. Pada tanggal 8 Januari 1965 Jurusan Psikologi pada Fakultas Ilmu Pendidikan ditingkatkan menjadi Fakultas Psikologi.
Pada tanggal 18 Agustus 1967 Fakultas Filsafat didirikan kembali dan pada tahun 1969 Biro Penyelenggara Kuliah-kuliah Khusus dimasukkan ke dalam Fakultas Filsafat sebagai Biro Penyelenggara Kuliah-kuliah Agama. Pada tahun 1969 itu juga fakultas yang ke-18 lahir, yaitu Fakultas Peternakan yang merupakan peningkatan Bagian Peternakan Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan.
Pada tahun 1983 berdiri tiga fakultas baru, yaitu Fakultas Non-Gelar Ekonomi, Fakultas Non-Gelar Teknologi, dan Fakultas Pascasarjana. Dengan demikian saat itu UGM menyelenggarakan program pendidikan dengan perincian seperti di bawah ini.
Program Pendidikan Non Gelar (S-0), terdiri atas:
- Fakultas Non-Gelar Ekonomi, yang semula bernama Pendidikan Ahli Administrasi Perusahaan (PAAP).
- Fakultas Non-Gelar Teknologi, yang semula bernama Pendidikan Ahli Teknik (PAT).
Program Pendidikan Sarjana (S-1), terdiri atas 18 fakultas sebagai berikut (disertai tanggal peresmian sebagai Fakultas dalam lingkungan Universitas Gadjah Mada):
1.   Fakultas Hukum   19-09-1949
2.   Fakultas Kedokteran   19-09-1949
3.   Fakultas Kedokteran Hewan   19-09-1949
4.   Fakultas Pertanian   19-09-1949
5.   Fakultas Teknik   19-09-1949
6.   Fakultas Ilmu Budaya   19-09-1950
7.   Fakultas Biologi   19-09-1955
8.   Fakultas Ekonomi   19-09-1955
9.   Fakultas Farmasi   19-09-1955
10.   Fakultas Ilmu Pasti dan Alam   19-09-1955
11.   Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik   19-09-1955
12.   Fakultas Kedokteran Gigi   12-12-1960
13.   Fakultas Kehutanan   17-08-1963
14.   Fakultas Geografi   01-09-1963
15.   Fakultas Teknologi Pertanian   19-09-1963
16.   Fakultas Psikologi   08-01-1965
17.   Fakultas Filsafat   18-08-1965
18.   Fakultas Peternakan   10-11-1969
Program Pendidikan Pascasarjana, meliputi:
- Program Pendidikan Spesialis I (Sp-1)Â
- Program Magister (S-2)Â
- Program Doktor (S-3)
Pada awal tahun 1992 terjadi penyederhanaan jumlah Fakultas sesuai dengan amanat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0311/0/1991, 0312/O/1991 dan Keputusan Rektor UGM Nomor UGM/2/119/UM/01/37. Untuk itu, Fakultas Pascasarjana diubah menjadi Sekolah Pascasarjana, sedangkan Fakultas Non-Gelar Ekonomi diintegrasikan ke Fakultas Ekonomi; dan Fakultas Non-Gelar Teknologi ke dalam Fakultas Teknik sebagai Program Diploma. Dengan demikian, UGM kembali memiliki 18 Fakultas dan satu Sekolah Pascasarjana.
Pada tahun 2006, sesuai dengan Keputusan Rektor UGM Nomor 89/P/SK/HT/2006, program pendidikan pascasarjana dibedakan menjadi Program Pascasarjana Monodisiplin dan Program Pascasarjana Multidisiplin. Program Pascasarjana Monodisiplin, yang kurikulum intinya berasal dari satu bidang ilmu, diselenggarakan oleh Fakultas, sedangkan Program Pascasarjana Multidisiplin, yang kurikulum intinya berasal dari minimal 3 bidang ilmu, diselenggarakan oleh Sekolah Pascasarjana.
Pada 2009 ini, UGM memiliki 26 Program Diploma, 69 Program Sarjana Reguler (S-1), 21 Program Sarjana Swadaya (S-1), 88 Program Magister Monodisiplin (S-2), 16 Program Magister Multidisiplin (S-2), 23 Program Spesialis I (Sp-1), serta 32 Program Doktor (S-3).Â