Namun demikian, masih terdapat banyak pesantren yang lebih memilih tetap melaksanakan kegiatan pembelajaran seperti biasa di pondok. Para santri yang lebih memilih tinggal di pesantren dituntut untuk lebih meningkatkan lagi dalam menjaga kebersihan dan melaksanakan  protokol kesehatan, seperti memakai masker ketika sedang melaksanakan aktifitas, menjaga jarak, dan mencuci tangan setiap saat, juga tidak menghilangkan tradisi santri untuk selalu mengaji, mengabdi dan berbakti. Selain itu melakukan kerjasama dengan dinas kesehatan setempat harus terus dilakukan oleh para pimpinan pondok pesantren untuk menjaga para santri agar kesehatannya tetap terawasi dan terhindar dari virus selama berada di pesantren.Â
Dengan adanya Covid -19 ini, Allah mengingatkan kita mengenai betapa pentingnya menjaga kebersihan dan kesucian, serta memperhatikan asupan makanan yang bergizi dan memadai, istirahat yang cukup, dengan tujuan untuk lebih meningkatkan lagi keimanan dan ketakwaan kita dalam menjalani kehidupan sehari-hari.
Demikianlah agar pesantren tetap berdenyut maka segala aktifitasnya harus tetap dilaksanakan dan tetap melaksanakan himbauan pemerintah sesuai dengan protokol kesehatan. Sehingga pondok pesantren tidak di cap sebagai sarang penyebaran virus, dan klaster tertinggi dalam penyebaran corona virus tersebut.
