5. Apabila tuntutan di atas tidak dipenuhi dalam tempo 5x24 jam, maka Dewan Perjuangan akan mengambil langkah langkah kebijakan sendiri.
Ketika "Piagam Perjuangan" itu dibacakan melalui Radio Republik Indonesia (RRI) Padang, Presiden Soekarno tidak berada di Indonesia, melainkan sedang berada di Tokyo, Jepang. Meskipun demikian, Kabinet Djuanda buru-buru mengadakan Sidang Darurat.
Setelah Perdana Menteri Djuanda berunding dengan Kepala Staf Angkatan Darat (KASAD) Mayor Jenderal Abdul Haris Nasution, KSAU Marsekal Madya Suryadarma dan KSAL Laksamana Madya Subyakto, dia dengan tegas menolak "ultimatum" Dewan Perjuangan.
Sementara itu, Presiden Soekarno setelah cuti istirahat selama lima minggu, tanggal 16 Februari 1958 kembali ke Jakarta dari Tokyo, Jepang. Dia langsung memerintahkan aksi militer untuk menjawab tantangan PRRI. Juga diperintahkan untuk menangkap Ahmad Husein, termasuk Kolonel Zulkifli Lubis, Kolonel Mauludin Simbolon, Letnan Kolonel Barlian, Kolonel A.E.Kawilarang, Letnan Kolonel H.N.Ventje Samuel dan Kolonel J.F.Warouw.
Sebaliknya di pihak Ahmad Husein tidak akan menyerah. Dia pun mengumumkan berdirinya "Pemerintah Tandingan," yaitu Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia dengan ibu kota di Padang, Sumatera Tengah, sekarang Sumatera Barat. Akhirnya perang antara daerah dan pusat meletus sejak bulan Maret 1958, sebetulnya Djuanda terus terang melukiskan keputusan pemerintah untuk melakukan guna memadamkan perlawanan merupakan pilihan yang sulit.
Sudah sama-sama diketahui, di masa PRRI inilah Amerika Serikat terlibat di dalamnya.Gerak gerik Angkatan Laut Amerika Serikat yang digerakkan untuk menuju ke perairan Singapura telah terjadi. Keterlibatan Amerika Serikat dalam melancarkan bantuan rahasia terhadap gerakan anti Soekarno adalah suatu kenyataan dan kebijakan politik politik luar negeri Amerika di masa Perang Dingin. Berkaitan dengan Indonesia, pada tahun 1957, Kongres Amerika Serikat menyetujui usulan Presiden Eisenhower yang disebut "Doktrin Eisenhower," yaitu dengan memberikan dana sebesar 10 juta dollar AS dalam bentuk cek kosong. Program ini dibuat untuk memerangi pengaruh komunis. Dapat disimpulkan, meski dibantu Amerika Serikat, tetapi ketika CIA menyuruh serang Perusahaan Minyak Caltex di Riau, yang disampaikannya kepada Mauludin Simbolon sebagai Menteri Luar Negeri PRRI di Singapura, ia menolak. Amerika ingin mencari celah untuk masuk ke Indonesia. Seandainya saja Simbolon setuju, Amerika Serikat sudah masuk ke Indonesia tahun itu. Soekarno pun sudah lama terguling.
