Di piala dunia berikutnya 1986, Baresi tidak terpilih memperkuat La Nazionale, barulah di piala dunia di kandang sendiri Baresi ikut andil mengantarkan Italia merebut tempat ketiga piala dunia. Dan di piala dunia 1994 Baresi gagal mempersembahkan gelar juara bagi Italia usai kalah 2-3 dalam adu penalti di final melawan Brazil, dimana Baresi sebagai penendang pertama bersama Daniele Massaro dan Roberto Baggio gagal mengeksekusi penalti saat final itu.
Bersama Gli Azzurri, Baresi mengemas 81 penampilan selama 12 tahun karir internasionalnya bersama Timnas Italia, dengan satu kali mencetak gol.
Mengawali karirnya di dunia sepakbola, Baresi memiliki awal yang cukup menyedihkan. Mengikuti jejak kakak laki-lakinya, Giuseppe Baresi yang lebih dulu mendaftar ke Inter Milan dan telah bermain di klub Primavera Inter Milan, Franco Baresi kemudian menyusul kakaknya untuk menjalani uji coba tapi ditolak oleh Inter karena dianggap 'terlalu mungil dan tidak cukup berkembang secara fisik'.
Franco Baresi tidak berputus asa, kembali mencoba bergabung bersama Atalanta, namun dia juga ditolak dengan alasan yang kurang lebih hampir sama, sebelum kemudian dia berhasil meyakinkan pelatih AC Milan saat itu Guido Settembrino untuk memberi kesempatan padanya.
Franco Baresi kemudian menjelma menjadi salah satu Libero terhebat dalam sejarah Lega Calcio dan kakaknya Giuseppe Baresi juga menjadi pemain yang cukup andal dan menghabiskan 16 musim bersama Inter Milan dan tampil di Timnas Italia sebanyak 18 kali, termasuk bermain bersama dengan Franco di piala Eropa 1980.
Saat ini Franco Baresi menjabat sebagai wakil presiden kehormatan AC Milan. Ini diberikan oleh I Rossoneri karena tak melupakan jasa besar dari seorang Franco Baresi, dalam rapat para pemegang saham yang digelar pada 28 Oktober 2020 lalu.
