    1989-1998 merupakan Pejabat terakhir sebelum menjadi Presiden, sebagai Ketua Badan Pengelola Industri Strategis (BPIS), dan Wakil Ketua Dewan Pembina Industri Strategis. Pasca kepresidenan, Habibie tinggal di Jerman. Ketika era kepresidenan Susilo Bambang Yudhoyono, beliau aktif sebagai penasehat presiden, untuk mengawasi demokratisasi lewat organisasi Habibie Center dan akhirnya menetap di Indonesia.
    Habibie memperoleh berbagai tanda kehormatan, baik dalam negeri maupun luar negeri, apresiasi dari pemerintah dan luar negeri, tokoh kebanggaan dalam negeri dan luar negeri, kisahnya difilmkan, dan karya ilmiah dalam dan luar negeri, yang tidak dapat disebutkan dalam tulisan yang terbatas ini.
Cerpen Habibie Melepas AinunÂ
    "Sebenarnya ini bukan kematianmu, bukan itu. Karena aku tahu bahwa semua yang ada pasti menjadi tiada pada akhirnya, kali ini giliranmu untuk pergi, aku tahu itu. Tapi yang membuat aku tersentak sedemikian hebat, adalah kenyataan bahwa kematian benar-benar dapat memisahkan kebahagiaan dalam diri seseorang, sekejap saja, dan rasanya mampu membuatku nelangsa setengah mati, hatiku seperti tak di tempatnya dan tubuhku terasa kosong melompong, hilang isi. Kau tahu sayang, rasanya seperti angin yang tiba-tiba hilang berganti kemarau gersang.
    Pada air mata yang jatuh kali ini, aku selipkan salam perpisahan panjang, pada kesetiaan yang telah kau ukir, pada kenangan pahit manis selama kau ada, aku bukan hendak mengeluh, tapi rasanya terlalu sebentar kau di sini.
    Mereka mengira akulah kekasih yang baik bagimu sayang, tanpa mereka sadari, bahwa kaulah yang menjadikan aku kekasih yang baik. Mana mungkin aku setia padahal memang kecenderunganku adalah mendua, tapi kau ajarkan aku kesetiaan, sehingga aku setia, kau ajarkan aku arti cinta, sehingga aku mampu mencintaimu seperti ini.
    Selamat jalan, kau dari-Nya, dan kembali pada-Nya, kau dulu tiada untukku dan sekarang kembali tiada. Selamat jalan sayang, cahaya mataku, penyejuk jiwaku, selamat jalan calon bidadari surgaku.-Burhanuddin Jusuf Habibie-."
10 Kutipan Romantis BJ Habibie Tentang Cinta
    BJ Habibie beberapa kali menghasilkan inovasi di bidang tehnologi penerbangan. Tidak hanya cerdas, BJ Habibie juga terkenal romantis. Bahkan keromantisannya terekam dalam puisi-puisinya di buku Habibie dan Ainun. Perjalanan cinta Habibie juga merupakan salah satu kisah cinta yang dipakai panutan bagi generasi muda. Berikut di bawah ini kutipan-kutipan romantis BJ Habibie tentang cintanya kepada Ainun.Â
"Saya berkeyakinan bahwa Ainun itu diciptakan, dilahirkan untuk saya, dan saya untuk Ainun,"
"Cinta dapat terlihat melalui teleskop, sedangkan cemburu hanya terlihat melalui mikroskop,"
