Namun para teolog pembebasan menghadapi perlawanan besar-besaran tidak hanya di negara asalnya masing-masing; kalangan konservatif yang menjadi pusat kekuasaan di Gereja Katolik  berusaha menghancurkan teologi baru kaum miskin. Larangan profesi dan khotbah diberlakukan dan perwakilan individu kadang-kadang bahkan dicabut hak imamnya - tindakan "pendidikan" mencakup pengusiran dari Gereja Katolik. Hal ini dibenarkan dengan tuduhan " Marxisme dalam penyamaran Kristen" dan ancaman politisasi gereja. Teolog pembebasan asal Brasil, Clodovis Boff, merefleksikan kritik ini dalam bukunya yang terbit tahun 1986, "The Liberation of the Poor" sebagai berikut: "Tentu saja, unsur-unsur tertentu dari Marxisme diasimilasikan. Namun jika hal ini terjadi, hal tersebut selalu diluar kenyataan. Apa yang kemudian muncul begitu berubah dan termodifikasi sehingga tidak dapat lagi digambarkan sebagai Marxisme, namun hanya sebagai pemahaman kritis terhadap realitas ." Â
Pemahaman kritis ini  meninggalkan jejak pada disiplin ilmu lain: selain teologi, muncul pula pedagogi dan filsafat pembebasan . Pendidikan pembebasan , yang pendirinya adalah Paulo Freire dari Brasil dengan "Pendidikan Kaum Tertindas", berasumsi bahwa pembebasan dari dominasi dimungkinkan melalui pendidikan. Freire  mengembangkan metode kerja literasi untuk UNESCO. "Etika Pembebasan" oleh filsuf Argentina Enrique Dussel dianggap sebagai karya standar dalam filsafat pembebasan.
