Negara Indonesia dan Australia sering mengalami berbagai berbagai macam masalah, Salah satunya yakni masalah Timor Timur. Sebelum Timor Timur berintegarasi di Indonesia, Timor Timur sudah terpecah belah akibat politik devide at impera. Di tahun 1910 terjadi pemberontakan yang dilakukan masyarakat Timor Timur sebelum Perang global II, dikenal dengan Perang Manufahi. Pada tanggal 25 April 1974 terjadi Revolusi pada Portugal dimana munculnya Kebijakan dekolonisasi diterapkan pada negrara Timor Timur. Pada tahun 1975 terjadi Perang Saudara, yang dipicu kegagalan dekolonisasi yang akhirnya Portugal meninggalkan Timor Timur. Setelah Portugal meninggalkan Timor Timur, kelompok Fretilin dan gerombolan UDT, Apodeti, Trabalhista, serta kota saling bersengketa mengenai masa depan Timor Timur, yang berujung pada perang saudara. Yang berkelanjutan dimana Situasi ini mendorong negara Timor Timur berintegrasi dengan Republik Indonesia (NKRI). Tokoh yang terlibat pada kekacauan perang saudara 1975, mengakibatkan integrasi Indonesia yang diterima negara yang berdiri dibelakang Indonesia, termasuk Amerika serikat - Australia. Walaupun secara resmi PBB belum mengakui integrasi Timor Timur kedalam Republik Indonesia, dan menanggapi Timor Timor menjadi daerah yang belum berpemerintahan sendiri.
Akhirnya sampai sekarang hubungan bilateral Indonesia-Australia telah berlangsung pada konteks yang lebih luas dimana hubungannya banyak berubah memakai dampak komunitas internasional. Krisis ekonomi serta politik indonesia secara fundamental sudah mentransformasikan hubungannya menggunakan dunia luar. Dimasa kejayaan Soeharto, Indonesia mampu mengatur korelasi eksternalnya pada tingkat yang dikehendaki. Perusaan multinasional yang sekarang mengkritisi KKN dimana disebut dengan Korupsi, Kolusi dan Nepotisme, yang mengakibatkan banyak yang berinvestasi pada zaman Soeharto dimasa kepemimpinannya. Selama Perang Dingin, Indonesia mampu mengandalkan dukungan AS serta negara - negara Barat lainnya. buat menyikapi kritik Belanda terhadap pembantaian di Dili, Soeharto menghentikan program bantuan asal Belanda buat Indonesia.
Sepanjang tahun 1980-an, Australia-Indonesia selalu diganggu oleh Timor-Timur. Sekalipun pemerintah Australia berusaha memelihara hubungan kerjasama baik Indonesia, tetapi Australia dan beberapa kelompok - kelompok penekan tidak menghendaki masalah di Timor-Timur. Akhirnya kepentingan media Australia sepertinya memakai aspirasi yang berasal dari kelompok orang Timor-Timur yg berdomisili di Australia yang menentang penggabungan Timor-Timur ke wilayah Indonesia. Mereka memakai hampir seluruh pers Australia yang berpengaruh buat melaksanakan kampanye mengecam penggabungan Timor-Timur yang mereka istilahkan memaknai pendudukan ke pada daerah Indonesia.
Kecaman dari kelompok -- kelompok dari Australia mengakibatkan pemerintahan indonesia menjadi berantakan, dimana sikap pemerintah Australia yang membiarkan kecaman-kecaman pers Australia terhadap masalah yang di Timor-Timur dipandang pemerintah Indonesia menjadi sikap yg tidak bersahabat dan mendukung kepentingan gerombolan anti Indonesia. Akibatnya, hubungan baik ke dua negara memburuk di tahun 1980-1983, pemerintah Indonesia mengambil langkah terhadap perwakilan media Australia di Indonesia. Sehingga hubungan bilateral ke dua negara semakin membaik kembali setelah Australia menyampaikan suara mendukung Indonesia pada pemungutan bunyi untuk menghapus kasus dalam masalah Timor-Timur yang dimulai rencana sidang awam PBB bulan Oktober 1983. Perubahan pemerintahan John Howard pada Timor-Timur dikendalikan oleh tujuan strategis guna memindahkan berita yg telah terdistorsi, terkompromi dan menghambat hubungan selama seperempat abad
Selanjutnya terdapat perubahan di pemerintahan Australia sejak kemerdekaan Indonesia yang berdampak terhadap hubungan bilateral kedua negara tersebut akibat masalah Timor - Timur. Yang dimulai pada tahun 1972 hingga 1988 hubungan Australia serta Indonesia diwarnai oleh beberapa persoalan yang mengakibatkan berfluktuasinya hubungan kedua negara tersebut. Persoalan pertama yang paling menggangu hubungan ke dua negara ini ialah masalah kasus Timor-Timur.Dimana hubungan bilateral kedua negara tersebut dalam kondisi yang rentan ini yang mengakibatkan sesuatu yang menyedihkan.
Timor-Timor mewarnai kebijakan luar negeri Australia selama jabatan kedua PM Buruh "Whitlam" (1974-1975), selama masa Koalisi Liberal-Nasional. Pada tanggal 30 Agustus 1999, melalui jejak pendapat, warga Timor Timur memilih merdeka sebanyak (78,5%). Dimana hasil pengumuman pemilihan umum tadi diikuti dengan kekerasan yg meluas sang unsur-unsur seasoned-integrasi. Australia lalu diminta oleh PBB buat memimpin kekuatan internasional pada Timor Timur, Pada 20 Oktober 1999, Majelis Permusyawaratan Rakyat (Majelis Permusyawaratan Rakyat) mencabut keputusan penyatuan Timor Timur dengan Indonesia. peristiwa-insiden ini telah menyebabkan ketegangan dalam hubungan Australia-Indonesia dalam jangka pendek tersebut yang akhirnya menguntungkan dengan itu, sedang dikembangkan hubungan yang lebih akrab dalam perniagaan, politik, pendidikan, kesenian, media dan komunikasi, olahraga dan profesi. Walaupun terjadi perdebatan seru di parlemen, pemerintah di Australia memiliki pandangan yg sama yaitu masalah penggabungan Timor-Timur ke dalam wilayah Indonesia. Bagi kedua pemerintahan tersebut prioritas tertinggi merupakan memelihara hubungan persahabatan Indonesia dan tidak menghendaki adanya berita-berita yg mampu merusak hubungan kedua negara ini. Dan sampai sekarang, Negara Timor Timur telah menjadi negara yang sudah merdeka dari pihak negara -- negara asing, dimana dulu dari NKRI dan berganti nama menjadi Timor Leste.
