Menurut Makhrus Elmawa, Dosen Filsafat Islam dan Filolog Islam IAIN Cirebon, dalam keterangannya di Kompas TV, perpaduan budaya Arab dan Tiongkok tersebut merupakan bagian dari kerja sama antara Pangeran Panjunan dan kerabatnya dengan budaya Tiongkok serta budaya setempat. Saat itu masjid memperlihatkan karakter daerahnya, baik kebudayaannya maupun lokalitasnya.
Merujuk pernyataan Elmawa kita kemudian dapat memahami bahwa Masjid Merah Panjunan ini sebenarnya merupakan wujud dari akulturasi budaya di Indonesia yang sudah terjadi semenjak berabad-abad lalu, bahkan semenjak masa pra-Islam, yaitu Buddha dan Hindu. Perpaduan antara pengaruh agama Hindu dan Islam yang bertemu dan mengadakan kontak secara terus-menerus. Makna-makna filosofis dan simbol-simbol yang dibawa Hindu dan budaya setempat tersebut kemudian disesuaikan dengan ajaran Islam dan jadilah sebuah masjid yang dapat diterima oleh masyarakat.
