 Salah satu bukti nyatanya adalah terkuaknya beberapa fenomena-fenomena alam yang sebelumnya hanya terjelaskan dalam kita suci (dalam hal ini Al Quran), mulai terungkap dan dapat dijelaskan oleh sains. Integrasi interkoneksi adalah suatu upaya untuk mempertemukan antara ilmu agama (Islam) dengan ilmu sains/umum (sains-mipa dan sosial humaniora).
Masjid UIN didesain khusus untuk mengiringi konsep integrasi-interkoneksi antara studi keislaman dan keilmuan umum yang diusung dalam visi UIN Jogja itu sendiri. Masjid yang kemudian difungsikan sebagai laboratorium agama, mempunyai arti bahwa masjid UIN Sunan Kalijaga dibangun dan didesain bukan hanya untuk tempat ibadah saja, namun juga sebagai tempat siar, kajian dan berbagai keagamaan dan keilmuan lainnya tanpa harus kehilangan fungsi utamanya sebagai tempat ibadah.
Mengutip dari Harian Republika, bahwa pembangunan dan kegiatan yang terselenggara di Masjid UIN Sunan Kaliaga ini mengacu pada empat hal.
Pertama, inklusif. Artinya masjid terbuka untuk siapapun dan untuk berbagai kalangan. Tidak ada larangan bagi siapa saja untuk mengunjungi masjid ini. Inklusivitas. Dilihat dari segi bangunan yang sudah dilengkapi akses untuk para difabel, seperti tersedianya jalur khusus difabel. Selain itu juga, kegiatan sholat Jumat di masjid ini juga menampilkan juru bahasa isyarat, untuk mengakomodir para difabel.
Kedua, modernitas. Desain masjid yang memang sesuai dengan perkembangan zaman dan juga mengakomodasi kebutuhan di semua jenjang usia. Di samping juga ramah lingkungan. Ini terlihat pada desain bangunan yang memang dirancang untuk hemat energi, serta juga dilengkapi sistem penampungan air wudhu, yang mana air wudhu yang terakumulasi digunakan untuk menyirami tumbuhan dan tanaman yang ada di areal kampus.
Ketiga, localistic. Maksudnya adalah mengakomodir nilai-nilai kedaerahan. Konsep ini dapat dilihat dari gaya arsitektur bangunan utama masjid. Pada umumnya pada masjid besar pada bagian atasnya dibuat berbentuk kubah yang megah. Namun untuk mesjid ini dibuat seperti punden berundak dan atap tumpang. Desain yang seperti ini adalah desain khas masjid-masjid di Indonesia, khususnya di Jawa. Â
Keempat, Islamicity. Ini berhubungan dengan realisasi ata penerapan nilai-nilali syariah dalam setiap kegiatan yang ada di laboratorim Agama.
Pada kesimpulannya, Laboratorium Agama Masjid UIN Sunan Kalijaga bukan hanya sekedar tempat ritual keagamaan, namun juga sebagai arena pengembangan keilmuan yang begitu ramah. Berkunjung ke masjid ini bukan hanya akan merasakan sensasi nilai keislaman nusantara, namun juga atmosfer akademik yang begitu terasa. Menjadi ekosistem yang sempurna bagi keserasian dua domain keilmuan yakni ilmu sains umum dengan ilmu agama.
