Agroindustri merupakan salah satu subsistem yang melengkapi rangkaian sistem agribisnis, subsistem ini berfokus pada kegiatan berbasis pengolahan sumberdaya hasil pertanian dan peningkatan nilai tambah. Agroindustri memiliki peranan yang penting terkait upaya pemenuhan kebutuhan pokok, penyerapan tenaga kerja, perolehan devisa, serta peningkatan perekonomian masyarakat di pedesaan. Kemudian, agroindustri diharapkan menjadi magnet bagi pembangunan pertanian Indonesia dengan membuka pasar yang baru terkait hasil pengolahan produk pertanian karena hasil turunan produk pertanian yang dapat menjadi beragam kegunaan sesuai dengan kebutuhan yang ada. Adapun agroindustri yang ideal adalah subsistem yang dibangun dari wilayah pedesaaan sebagai basis utama pengembangan, karena aksesibilitas yang baik terhadap bahan baku pertanian, pemenuhan masyarakat pedesaan terhadap hasil produk agroindustriyang relatif potensial dan menciptakan integrasi sistem agribisnis, dimana subsistem on farm, agroindustridan pemasaran menjadi satu dalam wilayah pedesaan.
Dibalik keunggulan dan idealnya agroindustri dalam pemahaman teoritis, agroindustri yang ada di Indonesia dapat dikatakan belum berhasil berjalan sesuai harapan masyarakat Indonesia yaitu dengan fakta bahwa Indonesia memiliki banyak potensi pertanian yang secara logika dapat dengan baik subsistem tersebut berjalan karena melimpahnya bahan baku industri tersebut. Fakta berikutnya adalah apabila dibandingkan negara tetangga seperti malaysia ataupun vietnam, agroindustri masih belum dapat leading di regional ASEAN padahal negara-negara tersebut dahulunya belajarpertanian di Indonesia. Diliat dari fakta bahwa agroindustri Indonesia belum berjalan dengan baik, terbentuk opini bahwa masalah agroindustri di Indonesia cukup kompleks.
Adapun masalah-masalah yang dihadapi pengembangan agroindustri Indonesia yaitu pertama, adanya keterbatasan bahan baku yang memiliki kualitas yang sesuai dengan kebutuhan kegiatan agroindustri. Adapun faktanya adalah bahan baku untuk kegiatan agroindustri yang memiliki kriteria yang runut dan kualitas yang tinggi ini, akan tetapi petani Indonesia belum mampu memenuhi kriteria tersebut disebabkan masih sulitnya pendanaan dan teknologi usahatani yang sesuai requirement bahan baku industri.
Permasalahan kedua yaitu kapabilitas sumberdaya manusia yang belum baik terkait kemampuan menggunakan teknologi agroindustri. Masalah tersebut berdampak kepada efisiensi industri menjadi lebih rendah dari negara pesaing. Adapun penyebab masalah tersebut adalah lemahnya pemberdayaan sumberdaya manusia berbasis riset dan sosialisasi hasil riset tersebut yang belum optimal terhadap masyarakat pertanian. Ketiga, investasi agroindustri yang belum booming akibat iklim invastasi, kepastian hukum dan politik, dan insentif yang diberikan kepada investor yang akan berkecimpung di sektor agroindustri. Adapun salah satu contoh yaitu kebijakan agroindustri yang ditetapkan pemerintah kerap tumpang tindih dan saling melakukan kanibalisme, sehingga investor dan pengusaha yang ingin berkontribusi di sektor agroindustri menjadi takut untuk melakukan pengembangan agroindustri di Indonesia.
Selanjutnya masalah keempat adalah adanya penerapan suku bunga kredit usaha yang sama ditetapkan antara sektor agribisnis dan non agribisnis. Adapun sektor agirbisnis memiliki karakteristik yang lebih berisiko dari sektor non agribisnis sehingga penetapan suku bunga pinjaman usaha yang disama ratakan adalah tindakan yang kurang proposional. Masalah kelima dalam pengembangan agroindustri di Indonesia adalah rendahnya peningkatan kualitas dan mutu riset dari kalangan akademisi terkait pembaharuan teknologi di sektor agroindustri, sehingga Indonesia masih tergantung kepada tren teknologi yang ada di dunia tanpa melakukan inovasi guna memunculkan kekuatan diferensiasi produk dan teknologi agroindustri Indonesia.
Masalah keenam yaitu ketersediaan saran dan prasarana yang mendukung pengembangan agroindustri di Indonesia masih belum berjalan sesuai harapan yang diinginkan investor dan pengusaha. Hal ini berkaitan erat dengan biaya yang harus dikeluarkan pengusaha untuk mendapatkan bahan baku industri dan mendistribusikan produk hasil pengolahannya. Keenam masalah tersebut merupakan sebagian kecil masalah yang didapat untuk mengurai penyebab lambatnya pengembangan agroindustri di Indonesia. Adapun solusi yang dapat diberikan adalah pemerintah harus dapat merencanakan arahan yang jelas terkait sektor agroindustri Indonesia dan dapat merangkul stakeholder terkait pengembangan agroindustri agar mendapatkan keselarasan antara tren yang berlaku, kebijakan yang ditetapkan, dan keinginan para investor serta pengusaha yang akan terjun di sektor agroindustri.
