Sistem Lembaga adat bekerja  artinya bahwa terdapat beberapa fungsi  komponen penyelesaian sengketa dalam menjalankan suatu proses peradilan adat. Pada Sistem peradilan adat ini selalu memperhatikan beberapa perkembangan dalam suatu masyarakat. Dari uraian tersebut menjelaskan bahwa penyelesaian suatu sengketa melalui peradilan adat merupakan suatu sistem dalam masyarakat.
Sistem mempunyai dua pengertian yaitu, pertama, sistem sebagai suatu jenis satuan yang mempunyai aturan/cara tertentu. Tatanan dalam hal ini menunjukan kepada suatu struktur yang tersusun dari bagian-bagian yang sudah di tentukan.
Sistem Mediasi
Dalam beberapa hal yang telah dilakukan berupa, pelanggaran yang hanya diancam dengan pidana denda. Ayat 1 pasal 82 KUHP, dijelaskan bahwa kewenangan menuntut pelanggaran yang diancam dengan pidana denda saja  , kalau dengan suka rela dibayar maksimum denda dan biaya-biaya yang telah dikeluarkan jika penuntutan telah dimulai, atas kuasa pejabat yang ditunjuk untuk itu oleh aturan-aturan umum, dan dalam waktu yang ditetapkan olehnya. Ketentuan dalam pasal 82 KUHP tersebut dikenal dengan sebutan  denda damai atau afkoop yang merupakan salah satu alasan penghapus penuntutan. Ketentuan diatas hanya memberi kemungkinan adanya penyelesaian perkara pidana di luar pengadilan, namun belum merupakan mediasi penal,
Penyelesaian di luar pengadilan berdasarkan pasal 82 KUHP belum menggambarkan secara tegas adanya memungkinkan penyelesaian damai atau mediasi antara pelaku dan korban yang merupakan sarana pengalihan atau diversi untuk dihentikannya penuntutan maupun penjatuhan pidana. Walaupun pasal 82 KUHP merupakan alasan penghapus penuntutan, namun bukan karena telah adanya ganti rugi / kompensasi terhadap korban, tetapi hanya karena telah membayar denda maksimum yang diancamkan. Dalam penyelesaian perkara pidana melalui pendekatan restoratif atau pendekatan yg lebih mengarah pada kondisi keadilan dan keseimbangan bagi pelaku tindak pidana serta korbannya sendiri tidak menitik beratkan pada salah satu pihak saja. , suatu konflik atau kerusakan yang timbul akibat tindak pidana adalah dipandang sebagai suatu konflik yang terjadi dalam hubungan antara anggota masyarakat yang harus diselesaikan dan dipulihkan oleh seluruh pihak secara bersama-sama.Contohnya seperti pada kasus Â
Muhamad Munawir Pada Tanggal 10 Feb 2021 pelaku pembunuhan Medelin Sumual di Kabupaten Kutai Barat, Kalimantan Timur dikenakan sanksi adat. D, Lembaga Adat Besar Kabupaten Kutai Barat mempertimbangkan beberapa  hal dalam suatu putusan adat. Jika Melanggar hukum  adat yang bernama Bolitn Mate Namar Umar. akan Dikenakan sanksi adat sebesar 4120 Antakng atau sebesar Rp1.648.000.000 dan menanggung biaya acara adat kematian Paramp Api dan Kenyau Etus Askng sebesar Rp250 juta, demikian keputusan sanksi adat yang sudah di buat. Apabila telah sampai pada batas waktu yang sudah ditentukan yakni pada tanggal 4 Agustus Tahun 2021 , denda adat Rp 1.898.000.000 tidak dapat dipenuhi/dibayar maka Harus segera berkoordinasi dengan lembaga Adat besar Kabupaten Kutai Barat untuk membicarakan apa saja hal-hal yang  berkaitan dengan pembayaran denda tersebut, sambung putusan yang juga akan diteken oleh Kepala Adat Besar DiKabupaten Kutai Barat Manar Dimansyah.  Proses hukum positif akan  berjalan dengan caranya dan hukum adat juga sudah menjatuhkan sanksi terhadap pelaku yang melanggar aturan tersebut.
