Berikutnya, mobil ini dalam kecepatan tinggi tidak stabil, diduga penyebabnya adalah suspensi yang kurang pas atau sistem aerodinamika yang buruk.
Saat tim tengah melakukan pembenahaan di sirkuit, malang, GT40 mengalami kecelakaan dalam kecepatan 257 kpj, dua hari berturut-turut dengan 2 mobil yang berbeda. Untuk menambah penderitaan, pertandingan hanya berjarak 2 bulan lagi.
Hasilnya dapat ditebak, pada Le Mans 1964, seluruh GT40 yang diterjunkan Ford gagal finish karena mengalami kerusakan atau terbakar di lintasan. Dan Ferrari, yang merupakan langganan juara, meraih podium 1, 2, dan 3. Ford kembali dipermalukan. Namun Henry Ford tak menyerah, ia bersumpah kembali pada tahun berikutnya.
Ford kembali di lintasan balap Le Mans pada 1965 dengan menggandeng Caroll Shelby, seorang tuner dalam negeri yang memiliki peranan besar di dunia muscle cars Ford, untuk mengembangkan GT40.
Pada tahun itu Ford menerjunkan 6 kendaraan. Namun lagi-lagi Ford terpuruk. Seluruh mobil balapnya tidak ada yang berhasil mencapai garis finish. Ferrari menang lagi dan Enzo tersenyum puas.
Benci dipermalukan lagi, Ford tak kenal lelah mengembangkan GT40 dan menyempurnakannya. Sebelum bertarung di Le Mans 1966, GT40 Mark II (generasi kedua) ini diuji coba selama ribuan jam dan diikutsertakan dalam lomba di lintasan Daytona Raceway menempuh jarak 2.000 km.
Mesin dan transmisinya menjalani uji coba dengan menggunakan komputer untuk menyimulasikan balap Le Mans 24 Hour. Hal ini mungkin terdengar biasa saat ini, namun pada zamannya itu merupakan sesuatu hal yang mustahil dilakukan. Hal itu merupakan buah pikiran Direktur Kendaraan Khusus Ford, Leo Beebe.
Di lain pihak, Ferrari tidak berdiam diri. Mereka juga menelurkan mobil balap yang sepenuhnya baru bernama Ferrari 330 P3.
Kendaraan ini lebih ringan dan lincah dibanding GT40, meski harus mengorbankan kecepatan puncaknya. P3 hanya memiliki top speed 305 kpj, di mana GT40 terbaru memiliki kecepatan maksimal 337 kpj.
Tiba waktunya untuk bertanding, pada Le Mans 1966 Ford datang dengan seluruh kekuatannya. Mereka menerjunkan delapan GT40 bermesin V8 7.000cc yang mampu menyemburkan tenaga sebesar 485 horsepower, membawa 20 ton suku cadang, dan sekelompok pebalap top dunia. Di sudut lawan malah sebaliknya, Ferrari yang terlalu percaya diri hanya menurunkan tiga P3.
