Islam Nusantara kental akan budaya leluhur Indonesia. Tidak bertentangan dengan adat istiadat masyarakat Indonesia, dan sangat menjunjung tinggi nilai keindonesiaan. Berangkat dari realita konflik yang terjadi di wilayah Timur Tengah, islam nusantara digaungukan sebagai lawan dari Islam Arab yang tidak mengindahkan makna Islam sebagai agama damai.
Para pengusung Islam Nusantara berdalih bahwa ide ini sudah melalui masa ijtihad yang panjang yang tak lepas dari nilai-nilai konstitusi negara. Sehingga tak ada perlawanan yang mampu menumbangkan eksistensi Islam ini sebab telah diwadahi legalitasnya oleh negara.
Maka dari itu, proses ke depannya, tantangan Islam Nusantara baik yang ada di masyarakat, tentu akan semakin kompleks. Bagaimana terus dikembangkan tidak hanya sampai pada menjawab problem sosial keagamaan pada umumnya. Tetapi, bisa mencakup problem sosial mendasar lainnya, seperti sosial-ekonomi, pengembangan masyarakat, sains, dan isu-isu kekinian.
 Islam Nusantara adalah Islam Kita
Meskipun islam nusantara adalah jargon yang baru sering di perbincangkan, sebenarnya konsep ini bukan hal yang baru. Islam nusantara merupakan gerakan dan tradisi kita sebagai orang Indonesia yang mengunakan nama baru. Jadi, walaupun nama ini baru di suarakan, Islam Nusantara sebenarnya adalah islam yang ada di Indonesia.
Penjelasan Islam Nusantara persis dengan pemikiran Gusdur yang mencetuskan pribumisasi islam, paham keagamaan yang menekankan arti penting aplikasi nash-nash agama sesuai dengan konteks dinamika kebudayaan, sosial maupun politik dimana agama berpijak.Ini adalah sebuah sinkretisme agama dan budaya yang menjadikan keduanya menyesuaikan dengan kultur yang ada.
 Islam memang datang dari Arab, namun ketika dia berada dalam cakupan budaya. Misalnya budaya Gorontalo, baik budaya Gorontalo maupun ajaran islam itu saling menyesuaikan sebagai manifestasi percampuran tersebut. dengan hal ini, pertanyaan yang sering mengemuka berkisar pada apakah hendak mengislamkan nusantara atau menusantarakan Islam.
Penjelasan semacam prinsip dasar-dasar seperti tasamuh, tawazun, i'tidal dan seterusnya, maupun ekspresi budaya Islam Nusantara melalui adat tahlil, barzanzi, ziarah ke kubur, syukuran dan seterusnya menjadikanya kelihatan bahwa sebenarnya Islam Nusantara sebenarnya adalah  islam Di Indonesia.
Islam Nusantara menjadi identitas penanda bagi warga Indonesia untuk semakin kuat mengamalkan nilai-nilai yang telah diletakkan oleh para walisongo dengan diperkuat ijtihad ulama-ulama kita. Sebagai sebuah identitas kelompok, maka dia membutuhkan sifat pembeda atau kelompok yang berbeda dengan mereka untuk semakin meneguhkan identitas kelompok yang radikal.
Islam Nusantara menjadi identitas diri orang Indonesia yang membedakannya dengan kelompok Islam di negara lain, khususnya dalam hal paham
Aswaja. Dengan kata lain, Islam Nusantara adalah sebuah bangunan identifikasi karakter diri kader NU beserta jamaahnya yang menjadi identitas diri mereka serta membedakan mereka dengan yang lain. Dengan menjadikan pengertian Islam Nusantara sebagai Islam Ahlussunnah Wal Jamaah harus diberi kata al-Nadhliyah dibelakangnya, artinya Islam Ahlussunnah Wal Jamaah orang Nusantara.
