Apabila terjadi jumlah penerimaan yang melebihi daya tampung, sesuai pasal 14 yaitu Dinas Pendidikan menyalurkan siswa tersebut kepada sekolah lain dalam zonasi yang sama. Pertanyaannya adalah apakah pendaftar rela apabila disalurkan kepada sekolah selain yang menjadi minat si pendaftar? Akan menimbulkan kekecewaan apabila disalurkan kepada sekolah yang memiliki kualitas yang lebih rendah.
Ketentuan dalam sistem zonasi yang menjadi polemik lainnya adalah jalur prestasi yang disediakan hanya 5%. Hal ini dipermasalahkan oleh orang tua karena dianggap tidak menghargai hasil juang siswa dalam memperoleh nilai ujian.Â
Siswa yang telah memperoleh nilai UN yang tinggi merasa berhak melanjutkan sekolah dengan kualitas yang baik. Kemudian akan memunculkan permasalahan lagi apabila ketentuan zonasi mewajibkan siswa tersebut bersekolah dengan kualitas pendidikan yang rendah padahal siswa tersebut memiliki nilai yang bagus.
Permasalahan yang telah dijabarkan pada akhirnya bermuara pada kualitas layanan pendidikan yang tidak merata di setiap sekolah. Orang tua siswa menyadari hal tersebut sehingga mereka menginginkan anaknya untuk bersekolah dengan kualitas yang baik. Â Selain itu perbedaan geografis setiap daerah yang berbeda juga menjadi penyebab permasalahan sistem zonasi.Â
Hal ini menyebabkan beberapa calon pendaftar memiliki jarak yang lebih jauh kepada sekolah yang dituju. Sebaran sekolah yang tidak merata dan faktor geografis pada suatu wilayah menjadi permasalahan utama sistem zonasi PPDB saat ini.
Solusi yang perlu diperbaiki dalam menjalankan sistem zonasi ini diantaranya pemerintah perlu melakukan perbaikan kualitas pendidikan yang merata apabila sistem ini akan tetap dijalankan.Â
Distribusi guru dengan kualifikasi yang baik perlu disebar kepada sekolah yang memiliki kualitas tenaga pendidik yang rendah. Kemudian perbaikan sarana pembelajaran seperti ruang kelas, laboratorium dan sarana penunjang lainnya perlu diprioritaskan pada sekolah yang memiliki peminat rendah.
 Kemudian Pemerintah perlu mengkaji ulang dan mengawasi prosedur PPDB sistem Zonasi. Peraturan Menteri Nomor 51 Tahun 2018 hanya mengatur garis besar, selanjutnya Pemerintah Daerah yang mengatur teknis. Pelaksanaan sistem zonasi di daerah perlu diawasi untuk menjamin siswa mendapatkan layanan pendidikan yang layak.Â
Pertama data daya tampung sekolah dan calon pendaftar perlu diselaraskan agar siswa tetap dapat bersekolah di sekolah negeri. Hal ini diatur dalam Pasal 20 ayat 2 yang mewajibkan Pemerintah Daerah untuk memperhatikan jumlah ketersediaan daya tampung yang disesuaikan dengan jumlah anak usia sekolah.Â
Kemudian pembagian zonasi juga perlu diperhatikan secara detail untuk menjamin siswa yang berlokasi di perbatasan zonasi. Siswa tersebut dikhawatirkan tidak tersalurkan pada suatu sekolah akibat pendaftar lainnya memiliki jarak yang lebih dekat.Â
Kemudian solusi lainnya adalah perlu kiranya Pemerintah merevisi kota jalur prestasi yang disediakan hanya 5%. Mengingat saat ini kualitas layanan pendidikan masih tersebar pada sekolah tertentu, kuota jalur prestasi perlu ditambah agar dapat menjamin siswa yang memiliki prestasi bersekolah dengan kualitas pendidikan yang baik.