Pada keesokan harinya, pasukan Inggris menggunakan tangga-tangga bambu yang disiapkan Kapitan Tionghoa Tan-jin-sing untuk masuk ke dalam keraton. Selain itu, terjadi pula penembakan terhadap plengkung Tarunasura dan pintu Pancasura yang memerparah penyerbuan. Penyerangan itu mengakibatkan banyak keluarga Keraton Yogyakarta yang tewas, antara lain salah satu dari ketiga menantu sultan (KRT Sumadiningrat, panglima pasukan keraton) dan Ratu Kedaton. Saat pasukan Inggris berhasil mengepung kedhaton, Sultan Hamengkubuwana II menyerah dengan berpakaian serba putih. Seluruh perhiasan di tubuh sultan dan rombongannya dilucuti oleh pasukan Inggris.
Pasukan Inggris menjarah keraton dan mengambil naskah-naskah yang tersimpan untuk dibawa ke Inggris. Jumlah naskah-naskah yang dibawa diperkirakan lebih dari 7000 buah. Selain itu, perhiasan, keris, perangkat alat musik di dalam keraton diangkut ke kediaman residen menggunakan pedati dan kuli-kuli panggul. Namun, saat pengangkatan Sultan Hamengkubuwana III, pusaka keris dikembalikan lagi kepada keraton.
***
Setelah perang berakhir, putra mahkota kembali diangkat resmi oleh Inggris sebagai Sultan Hamengkubuwana III. Kemudian pada tanggal 22 Juni 1812, Raffles mengangkat Natakusuma sebagai Paku Alam I yang menguasai wilayah Pakualaman. Pada tanggal 3 Juli 1812, Sultan Hemengkubuwana II dan kedua putranya, yaitu Pangeran Mangkudiningrat dan Mertasana, dipindahkan ke Semarang dan selanjutnya diasingkan ke Pulau Penang. [Sri Wintala Achmad]
