Masih di Game Boy Color, pada 14 Desember 2000, Pokemon Crystal dirilis sebagai enhanced version dari Pokemon Gold and Silver. Gameplay-nya sama, namun di Pokemon Crystal Anda memiliki opsi untuk bermain sebagai karakter cewek, yaitu Kris.
Region Johto, yang merupakan latar tempat Pokemon Gold, Silver, and Crystal, terinspirasi dari region Kansai dan Toukai di Jepang. Berikut kota-kota dan pemukiman di Johto:
- New Bark Town
- Cherrygrove City
- Violet City
- Azalea Town
- Goldenrod City
- Ecruteak City
- Olivine City
- Cianwood City
- Mahogany Town
- Blackthorn City
Di Pokemon Gold, Silver, and Crystal Anda kembali melawan delapan gym leader, yaitu:
- Falkner
- Bugsy
- Whitney
- Morty
- Chuck
- Jasmine
- Pryce
- Clair
Setelah mendapatkan semua gym badge, Anda mendapatkan akses ke Kanto dan kembali ke Indigo Plateau untuk melawan Elite Four yang terdiri atas:
- Will
- Koga
- Bruno
- Karen
Kalahkan keempatnya dan Anda akan melawan Lance, yang resmi menyandang gelar Champion setelah Blue dikalahkan Red tiga tahun sebelum peristiwa di Pokemon Gold, Silver, and Crystal. Dan Kanto akan menjadi lokasi post-game, di mana Anda dapat mencoba mengalahkan kedelapan gym leader Kanto lagi. Namun bedanya, Koga diganti Janine dan Giovanni diganti Blue.
Baik Kanto dan Johto memiliki tim jahat yang sama, yaitu Team Rocket. Tujuan mereka mencuri Pokemon demi penguasaan dunia.
Generasi 3 dimulai pada 21 November 2002, ketika Pokemon Ruby and Sapphire dirilis untuk Nintendo Game Boy Advance. Bertempat di region Hoenn, Anda memiliki opsi untuk bermain sebagai Brendan atau May. Ceritanya begini: Anda baru saja pindah dari Johto ke Hoenn mengikuti ayah Anda yang bekerja sebagai gym leader.Â
Setelah menyelamatkan Profesor Birch dari kejaran seekor Poochyena, Anda mendapat opsi untuk memilih antara tiga starter Pokemon: Treecko, Torchic, atau Mudkip. Adapun Profesor Birch mempelajari habitat Pokemon.
Rerata PokeTuber memilih Hoenn sebagai region favorit mereka karena kecintaan mereka terhadap Pokemon dimulai dari bermain Pokemon Ruby and Sapphire di Game Boy Advance, seperti MandJTV dan Truegreen7.
Boxart legendary di Pokemon Ruby adalah Groudon, sedangkan boxart legendary di Pokemon Sapphire adalah Kyogre.
Region Hoenn terinspirasi dari region Kyushu di Jepang. Inilah kota-kotanya:
- Littleroot Town
- Oldale Town
- Petalburg City
- Rustboro City
- Dewford Town
- Slateport City
- Mauville City
- Lavaridge Town
- Fallarbor Town
- Fortree City
- Lilycove City
- Mossdeep City
- Sootopolis City
- Pacifidlog Town
- Ever Grande City
