Dalam perkembangannya, status GBK yang telah ditetapkan menjadi "National Heritage" berdasarkan Keppres No. 72 Tahun 1999, pengelolaan GBK dibagi ke dalam dua struktur, yaitu Badan Pengelola dan Direksi Pelaksana. Ketua Badan Pengelola adalah Sekretaris Negara, sedangkan anggotanya di antaranya adalah Menteri Keuangan, Gubernur DKI, dan Ketua KONI. Ada prinsip transparansi terbatas dalam pengelolaan keuangannya, di mana Badan Pengelola dikatakan "dapat meminta Direksi Pelaksana mengumumkan laporan keuangan kepada publik". Badan ini bertanggung jawab kepada Presiden, sedangkan Direksi Pelaksana menjadi "eksekutor", termasuk dalam pengusahaan dan pemanfaatan komplek GBK sehingga praktis berwenang mewakili pemerintah melakukan perbuatan hukum untuk kepentingan GBK. Ini diatur dalam Keppres No. 94 Tahun 2004 tentang Pengelolaan Kompleks Olahraga Bung Karno, menggantikan Keppres No. 4 Tahun 1984 tentang Badan Pengelola Gelanggang Olahraga Senayan.
Saat ini, pengelolaan GBK tidak lagi dilaksanakan oleh kedua organ tersebut, melainkan oleh lembaga yang nama lengkapnya Pusat Pengelolaan Komplek Gelora Bung Karno Jakarta Pada Sekretariat Negara. Ini setelah GBK ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum (BLU) berdasarkan Undang-Undang No. 16 Tahun 2008 tentang Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara Tahun 2008, sedangkan kedudukan Badan Pengelola dan Direksi Pelaksana GBK telah dibubarkan Presiden dengan Peraturan Presiden No. 42 Tahun 2008.Â
Kembali pada fakta lapangan perihal jukir liar dan pungli di GBK, sekadar pandangan, apabila PPKGBK tidak juga menanggulangi secara konsisten dan sistematis, bersiaplah menjadi "penonton", karena dua lokasi penyelenggara berkapasitas besar lain (MICE) jauh lebih tertib dan baik.Â
Â