Di ruang Klasik dan Islam kita bisa sejenak belajar dan melihat kembali lintasan sejarah Islam dan perkembangannya di Yogya. Di sini dipamerkan beberapa benda seperti sajadah dari abad ke 14-15 yang berbentuk anyaman bambu, juga ada Al-Quran yang ditulis tangan dan bahkan ada yang dilengkapi ilustrasi. Â
Juga ada model atau maket masjid tradisional Jawa yang berbentuk joglo, batik berisi kidung, serta kaligrafi berbentuk perahu yang berisi ayat-ayat Al-Quran. Â Selain itu juga ada beberapa keramik yang berasal dari Tanah Arab.
Bahkan di ruang wayang, bukan hanya dipamerkan benda-benda berbentuk wayang, tetapi juga diputarkan fragmen kisah wayang secara audio visual yang menarik.
Ruang Topeng juga berisi berbagai benda yang menarik seperti Topeng Wajah Biru dan Wajah Cokelat yang unik. Â Konon Museum ini juga pernah punya koleksi topeng emas Nayan yang berasal dari jaman Majapahit. Sayangnya koleksi ini hilang pada tahun 2010 lalu bersama berbagai koleksi museum yang lain.
Di Ruang Bali kita dapat melihat berbagai koleksi yang berhubungan dengan seni, adat dan Budaya Bali. Di sini juga dipamerkan benda-benda yang berhubungan dengan penyebaran Agama Hindu di Bali.  Kehadiran Ruang Bali di Museum yang bertemakan Seni dan Budaya Jawa ini menunjukkan hubungan yang erat antara Jawa dan Bali baik menurut sejarah dan juga  budaya. Â
Kembali ke luar museum, kami berjalan menyusuri Jalan Pangurakan yang sempat  bernama Jalan Trikora. Di sini terdapat Bioskop Museum Sonobudoyo yang tadi dijelaskan oleh petugas di Museum.  Di kursi kayu di depan bioskop ini juga  ada patung Gundala dan beberapa figur komik yang ikut meramaikan suasana di Yogya.
Di sini juga ada berbagai informasi mengenai pertunjukan budaya yang diadakan setiap malam yaitu Wayang Kulit, berbagai kesenian rakyat seperti Jathilan, Tayub, dan Reog serta Pagelaran Wayang Topeng Panji.Â
