Kisah sukses Ignasius Jonan dalam mereformasi PT KAI sudah banyak dibahas dan pencapaian beliau selama menjabat sebagai direktur utama PT KAI sangat fenomenal.
Ketika baru setahun memimpin, Jonan sudah berhasil membalikkan kondisi keuangan PT KAI yang semula menderita rugi bersih Rp 83,5 miliar pada 2008, setahun kemudian berhasil mencetak laba Rp 154,8 miliar pada 2009.
Dibawah kepemimpinan Jonan kinerja PT KAI terus bertumbuh dan pada 2013, BUMN tersebut mencatatkan laba sebesar Rp 560,4 miliar. Selain itu aset KAI juga tumbuh berlipat ganda dari Rp 5,7 triliun pada 2008, naik hingga tiga kali pada 2013 menjadi Rp 15,2 triliun.
Jonan juga mensterilkan semua statsiun KA dari para pedagang kaki lima dan calo karcis yang sering mengganggu kenyamanan penumpang. Selain itu dia juga mengubah area stasiun dan kereta yang awalnya kumuh, semrawut dan tidak tertib menjadi bersih, teratur dan tertib.
Dari sisi pelayanan, Jonan melengkapi semua kereta  dengan penyejuk udara (AC) dan menegakkan larangan merokok bagi setiap penumpang. Fasilitas umum seperti toilet gratis dan ruang menyusui pun dibangun di stasiun.
Bagi karyawan PT KAI sendiri buah dari reformasi yang dilakukan oleh Jonan juga membuat mereka lebih sejahtera. Pada 2008 -saat awal Jonan menjabat di PT KAI- gaji seorang kepala stasiun hanya sekitar 2.75 juta per bulan saat ini seorang kepala stasiun bisa mendapatakan 27,5 juta-Rp 30 juta per bulan, naik sepuluh kali lipat.
Namun di sisi lain, Jonan juga kerap memecat dan memensiunkan dini pegawai KAI yang malas atau tidak mau bekerja sama untuk memajukan PT KAI. Tercatat ada ratusan orang pegawai KAI yang pensiun dini dan diberhentikan dan diganti dengan tenaga baru yang lebih profesional.
Ada salah satu kisah yang paling menarik dan sarat dengan filosofi KISS (Keep It Simple Stupid) pada saat Jonan melakukan pembenahan toilet kereta api dalam rangka reformasi yang dilakukan di PT KAI.
Awalnya, Jonan berkeinginan membenahi toilet kereta api, untuk menampung setiap feses atau urin yang dibuang penumpang. Pada saat itu toilet di kereta api, buang air kecil atau besar langsung jatuh ke tanah atau di atas rel KA.
Kemudian, Jonan meminta PT Industri Kereta Api (INKA) untuk mendesain toilet di kereta karena sebagai pembuat gerbong kereta tentunya PT KAI memiliki keahlian khusus dan pengalaman dibanding lainnya.
