Pertandingan babak kedua dimulai kedua kesebelasan tentunya saling beradu strategi dan ngotot untuk mecetak gol yang pertama. Persija dan PSM saling menyerang dibabak kedua dengan intensitas yang tinggi. Persija Jakarta mulai menyerang lewat pemain sayap Riko Simanjuntak yang berkolaborasi dengan Osvaldo Hay namun masih bisa diredam oleh pemain belakang PSM. Menit ke 53 Rizky Eka diganti Zulham dan Patrick Wanggai digantikan oleh Saldy yang tentunya perubahan ini dilakukan pelatih untuk memambah daya gedor PSM.
Menit 57 peluang Persija didapatkan lewat tendangan bebas Marc Klok yang kemudian disundul oleh Osvaldo Hay namun berhasil diamakan Hilmansyah. Hingga menit ke 60 pertahanan PSM masih kokoh dan sulit dibongkar persija yang terus menyerang. Pertandingan berlangsung sengit PSM Makasar juga berusaha menguasai ritme permainan dan keluar dari tekanan Persija. Menit 74 jumlah kartu kuning bertambah menjadi 8 kartu ketika Arfan melanggar Rohit Chand. Menit 83 aksi kolaborasi dari Riko Simanjuntak yang mengirimkan umpan tarik ke Novri membuat pertahanan PSM kerepotan namun masih bisa dihadang oleh Hasim Kipuw. Â Menit ke 88 andritany dikejutkan dengan tendangan keras dari Yakob dengan kesigapanya bola berhasil diamankan.
Tambahan waktu 6 menit dibabak kedua Persija dan PSM masih bermain dengan sangat hati-hati dan hingga peluit akhir babak kedua dibunyikan skor masiih 0-0 untuk kedua kesebelasan mau tidak mau adu pinalti pun menjadi penentu karena regulasi yang meniadakan tambahan waktu. Kedua tim memiliki pemain-pemain yang berpengalaman dalam menghadapi adu pinalti yang menegangkan.
Adu pinalti menjadi momen yang menegangkan, kiper PSM Hilmansyah menjadi penjaga gawang yang mampu menepis empat tendangan dari persija. Dalam adu penalti di kubu Persija Marko Simic, Novri, Sandi Sute, dan Riko gagal membobol gawang Hilmanyah yang tampil gemilang. Dikubu PSM Abdul, Saldy, Zulkifli juga dapat diantisipasi Andritany, sedangkan tendangan dari Yakob dan Zulham melayang di atas mistar gawang. Tendangan penentu PSM yang diesksekusi Zulkifli bisa ditepis oleh Andritany dan membuat Persija Jakarta unggul dan lolos ke babak final Piala Menpora.
Persija Jakarta tinggal menuggu pertandingan dari Persib vs PS Sleman untuk berlaga di final Piala Menpora.
