Pondok pesantren pembangunan ushuluddin yang berdiri di Singkawang sejak 20 Mei 1974 tak lepas dari pergolakan pemikiran para cendekiawan ulama muda Kalimantan Barat Dalam merespon dinamika yang terjadi di wilayah tersebut. Dengan ditutupnya sulthoniyah lembaga pendidikan Islam terkenal mereka khawatir di wilayah tersebut akan kekurangan kader-kader ulama yang tangguh.
Belum lagi ancaman dan pengaruh gerombolan PGRS/ Paraku yang ada di wilayah perbatasan Kalimantan Barat terjadi perubahan yang begitu cepat akibat globalisasi. Kekhawatiran cendekiawan dan ulama itu terjadi antara lain yakni akan mengancam eksistensi umat Islam di wilayah yang berbatasan dengan Malaysia.Â
Berdasarkan kondisi tersebut ulama cendekiawan melakukan konsolidasi dan mengkomunikasikan gagasan dengan tokoh masyarakat serta pemerintah setempat. Studi kelayakan mereka lakukan baik dari segi lokasi, pengelola, pendidik, santri dana faktor pendukung lainnya untuk mendirikan pesantren.
Pada akhirnya di area tanah bekas fakultas Ushuluddin IAIN yang ada di Singkawang. Berdasarkan SK Menteri Agama nomor 93. Fakultas Ushuluddin harus pindah ke Pontianak. Berdasarkan kesepakatan antara pemerintah daerah, departemen agama dan tokoh masyarakat mainan tersebut dapat terealisasi.
 Pendiri pondok pesantren tersebut antara lain bernama Drs. A. Malik dan beberapa tokoh masyarakat serta pejabat setempat. Beliau saat itu menjabat sebagai Dekan Fakultas Ushuluddin dan kepala kantor Departemen Agama Kabupaten Singkawang.
Dipilihnya Ushuluddin sebagai Nama pondok pesantren dimaksudkan untuk mengenang sejarah perguruan tinggi yang pernah berdiri di wilayah tersebut. Di atas lahan seluas 3,2 hektar pesantren memulai kiprahnya untuk mendidik kader-kader muda agar bisa tampil menjadi Garda paling depan melakukan syiar Islam.Â
Tanah yang dulunya pemberian Pemerintah Daerah Kabupaten Sambas ketika diserahkan fakultas Ushuluddin kepada pesantren masih dalam bentuk kebun dan sawah hanya sebagian kecil sudah dimanfaatkan untuk pembangunan.Â
Dilihat dari segi tata ruang pesantren Ushuluddin letaknya sangat strategis yakni terletak di pinggir jalan raya yang menghubungkan ke berbagai kota besar di sekitar Singkawang seperti ke Pontianak dan Sambas. Lokasi Komplek ini juga berada di wilayah yang cukup ramai karena berada di perkotaan.
Pendirian pondok pesantren Ushuluddin ditandai dengan dibukanya Madrasah Tsanawiyah yang kemudian dilanjutkan dengan pembangunan Madrasah Aliyah. Pada awal penyelenggaraan Madrasah seluruh santri belajar secara gratis Mereka cuma diwajibkan untuk membantu pertanian yang ada di komplek pondok pesantren dengan menanam sayur dan buah-buahan. Hasil tersebut dimanfaatkan untuk memenuhi kebutuhan sehari-hari.
