Sistem file: mengatur bagaimana data disimpan secara fisik di dalam drive.
Struktur folder: mengatur bagaimana data ditampilkan dan dikelompokkan untuk pengguna.
Struktur folder bisa berubah tanpa menyentuh sistem file. Misalnya kamu memindahkan file dari folder A ke folder B, kamu hanya mengubah rujukan logisnya saja. Data bisa tetap di tempat yang sama di drive, tergantung sistem file-nya. Tapi kalau kamu memformat drive, sistem file-nya diganti, dan semua struktur folder bisa ikut hilang karena peta logisnya terhapus.
Analogi Sederhana
Bayangkan sebuah perpustakaan:
Sistem file adalah sistem katalog dan database perpustakaan yang tahu di rak mana buku disimpan, nomor katalog berapa, dan siapa yang meminjam.
Struktur folder adalah cara pustakawan menyusun buku-buku di rak secara tematik: rak fiksi, non-fiksi, sejarah, dan sebagainya.
Buku bisa saja dipindahkan dari satu rak ke rak lain tanpa mengubah datanya. Tapi kalau sistem katalog rusak, pustakawan nggak bisa tahu di mana letak buku itu, walaupun secara fisik masih ada di perpustakaan.
Kenapa Banyak yang Bingung?
Masalahnya adalah karena antarmuka pengguna (GUI) modern menyamarkan batas antara sistem file dan struktur folder. Saat kamu melihat tampilan di Windows Explorer atau Finder di Mac, kamu merasa itu adalah "sistem file". Padahal, kamu cuma melihat hasil dari sistem file, bukan sistem file itu sendiri.