Pada masa kampanye, Ahok berkeyakinan normalisasi sungai dengan cara pelebaran daerah aliran sungai (DAS) Ciliwung, mencegah banjir Jakarta.
Normalisasi, yang identik dengan pengerukan dan betonisasi di sepanjang aliran sungai, sudah dijalankan sejak pemerintahan Gubernur Joko Widodo dan penerusnya Basuki Tjahaja Purnama (Ahok)
Anies kemudian mencetuskan program yang ia sebut dengan naturalisasi.
Sejak kampanye Pilgub DKI 2017, Anies lebih sering memperkenalkan pendekatan naturalisasi dibanding normalisasi dalam mengatasi banjir.
Konsep naturalisasi, sederhananya menangkap dan mengalirkan air ke dalam tanah, bukan ke laut .
Anies akan menghidupkan kembali ekosistem pinggir sungai dengan menggunakan bronjong batu kali untuk turap sungai. Wilayah bantaran akan ditanami berbagai tanaman.Naturalisasi disebut Anies akan menciptakan lingkungan yang ramah dari sisi ekologis. Cacing dan ikan bisa hidup di dalamnya.
Anies menunjuk  keberhasilan  negara seperti Singapura dan Jepang .
Banjir besar awal Januari 2020 , konsep naturalisasi Anies pada tahun-tahun pertama memimpin Jakarta  di Jakarta mulai dipertanyakan. Normalisasi dan Naturalisasi mana yang terbaik.
Menurut saya, Normalisasi dan Naturalisasi tidak berbeda jauh. Menormalkan sungai seperti apa yang seharusnya , meluruskan', memperluas, membeton sebagian  atau Naturalisasi mengembalikan ke alam dengan sedikit rekayasa tanpa membeton dan sedikit menggusur.
Kini  2021  banjir lagi.Banjir mulai menggenangi beberapa daerah sejak pukul 02.00 WIB Sabtu 20 Februari 2021 Ketinggian banjir bervariasi mulai dari 50 centimeter hingga 2 meter.
Gubernur DKI Jakarta Anies Baswedan mengunjungi beberapa lokasi banjir, terutama lokasi paling terdampak banjir.
Ada banjir setinggi 80 cm  masih menggenangi Kecamatan Makasar, Jakarta Timur sejak pagi tadi.
