Saat Belanda benar-benar telah menguasai tanah Serui dan mengakui bahwa tanah tersebut milik Belanda, merah padam mukanya karena ia tidak ikhlas tanah kelahirannya diambil oleh Belanda.
Silas memilih keluar dari kerjaannya dan memilih kembali menjadi petani.
Silas dan warga Papua akan melakukan pemberontakan melalui jalur bawah tanah. Namun sayang nya niat nya tersebut diketahui oleh Belanda hingga Silas ditangkap dan dipenjarakan.
 Tidak butuh waktu lama Silas pun telah dikeluarkan, setelah itu Silas akan mengadakan lagi pemberontakan dan hasilnya pun sama niatnya terdengar oleh Belanda hingga ia ditangkap kembali.
" Saya tidak pernah peduli bahwa saya harus dipenjarakan kembali, sebelum titik darah penghabisan saya akan tetap berjuang untuk negeri tercinta ini", Ucap Silas.
Saat perjalanan menuju Biak yaitu tempat pengasingan, Silas berhasil kabur dan ia berdiam diri di Yogyakarta.
Saat di Yogyakarta Silas ditunjuk menjadi perwakilan rakyat Serui untuk mempertahankan tanah Papua agar bagian dari NKRI dan Silas pun mendirikan PKII yang bertujuan untuk menumbuhkan rasa nasionalisme pada warga Papua.
Kemudian hasil saat perundingan KMB yaitu bahwa Papua termasuk bagian dari Indonesia. Perjuangan Silas dan warga Papua berhasil yang ingin memasukan Papua bagian dari Negara Kesatuan Republik Indonesia tanpa harus melakukan peperangan.
Silas menghabiskan sisa umur nya ditanah Serui hingga ia tutup usia.
Meskipun sekarang Silas sudah tidak ada namun perjuangannya akan selalu di ingat oleh kedua warga Indonesia terutama warga Papua.
Untuk mengenang jasa-jasa Silas Papare, namanya diabadikan menjadi salah satu Kapal Perang Korvet kelas Parchim TNI AL KRI Silas Papare dengan nomor lambung 386. Selain itu, dididirikan Monumen Silas Papare di dekat pantai dan pelabuhan laut Serui.
Sementara di Jayapura, namanya diabadikan sebagai nama Sekolah Tinggi Ilmu Sosial Politik (STISIPOL) Silas Papare, yang berada di Jalan Diponegoro. Sedangkan di kota Nabire, nama Silas Papare dikenang dalam wujud nama jalan.
