Dalam sistem penyelenggaraan KSA dan KPA, penataan kawasan taman nasional diatur dengan sistem zonasi, sedangkan untuk kawasan KSA dan KPA yang lain diatur dengan sistem blok. Penyusunan zona atau blok pengelolaan dilakukan oleh unit pengelola dengan memperhatikan hasil konsultasi publik dengan masyarakat di sekitar KSA atau KPA serta pemerintah provinsi dan/atau pemerintah kabupaten/kota. Penetapan zona atau blok dilakukan oleh Menteri atau pejabat yang ditunjuk. Zona pengelolaan pada kawasan taman nasional meliputi: a) zona inti; b) zona pemanfaatan; c) zona rimba; dan/atau d) Â zona lain sesuai dengan kepentingan.
Keunikan Zona Inti
Sebagai kawasan yang mendapat prioritas perlindungan yang paling tinggi, zona inti mempunyai keunikan dan memperoleh perlakuaan (treatment) khusus. UU no.5/1990, pasal 32 dalam penjelasannya yang dimaksud dengan zona inti adalah bagian kawasan taman nasional yang mutlak dilindungi dan tidak diperbolehkan adanya perubahan apa pun oleh aktivitas manusia.Â
Setiap orang dilarang melakukan kegiatan yang dapat mengakibatkan perubahan terhadap keutuhan zona inti taman nasional. Perubahan terhadap keutuhan zona inti taman nasional meliputi mengurangi, menghilangkan fungsi dan luas zona inti taman nasional, serta menambah jenis tumbuhan dan satwa lain yang tidak asli.
Peraturan menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan no. P. 76/2015, pasal 10 tentang kriteria zona inti meliputi: a) memiliki ekosistem atau merupakan perwakilan tipe ekosistem atau fenomena/gejala alam dan formasi geologi yang masih asli dan alami; b) merupakan konsentrasi komunitas tumbuhan/biota target dan/atau merupakan area dengan keragaman jenis yang tinggi; c) merupakan lokasi tempat kawin dan bersarang
satwa target dan/atau tempat berpijah dan pembesaran satwa/biota target; dan/atau
d) tempat singgah satwa migran secara periodik. Sementara itu, peruntukan kegiatan yang dilakukan di zona inti taman nasional meliputi : a) perlindungan dan pengamanan;
b) inventarisasi dan monitoring sumber daya alam hayati dengan ekosistemnya; c) pembinaan habitat dan populasi dalam rangka mempertahankan keberadaan populasi hidupan liar; d) penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan; e) pendidikan dan peningkatan kesadartahuan konservasi alam; f) pemanfaatan sumber daya genetik dan plasma nutfah untuk penunjang budidaya; dan/atau g) pembangunan sarana dan prasarana pengelolaan terbatas untuk menunjang kegiatan pada huruf a, huruf b, huruf c dan huruf d; h) penyimpanan dan/atau penyerapan karbon.
Bayangan kita, zona inti taman nasional yang ideal adalah zona inti yang berada  dtengah-tengah dan dibungkus dan dilindungi oleh zona-zona lainnya seperti zona rimba, zona pemanfaatan, zona perlindungan bahari, , zona tradisonal, zona rehabilitasi, zona religi, budaya dan sejarah, dan zona khusus.Â
Disamping itu, zona inti dilindungi pula oleh regulasi yang sangat ketat sebagaimana yang disebut diatas,  perlindungan yang berlapis lapis dari zona-zona lainnya, sudah barang tentu harapannya adalah pengamanan dan keamanan zona inti dapat terlindungi dan terjaga dengan baik. Namun dalam praktek dan kenyataan  dilapangan tidaklah demikian.Â
Penataan kawasan taman nsional yang diimplementasikan dalam pembagian zonasi-zonasi tersebut adalah sekedar dokumen perencanaan dan pemetaan diatas kertas belaka. Dalam prakteknya, zona inti TN rentan terhadap gangguan dari luar. Pembuatan dan pembagian zonasi taman nasional masih sebatas konsep diatas peta.Â