Sejak berdiri hingga sekarang, sistem pemilihan pimpinan di Pondok Pesantren Baitul Burhan dilakukan dengan musyawarah mufakat oleh para guru, pengurus yayasan, dan koordinator wilayah Jarakah, yang terdiri atas koordinator keluruhan Jarakah Kecamatan Tempuran. Dulu koordinator terdiri atas kepala kampung, namun sejak tahun 2000-an koordinator ditunjuk oleh Yayasan Pondok Pesantren Baitul Burhan.
Keterlibatan koordinator dalam pemilihan pimpinan Pondok Pesantren Baitul Burhan merupakan salah satu bentuk kontribusi masyarakat terhadap pesantren. Pondok Pesantren Baitul Burhan didirikan atas kerja sama para ulama dan masyarakat sekitar, khususnya masyarakat daerah Jarakah, yang terdiri atas Kelurahan Jarakah Kecamatan Tempuran.
Sedangkan syarat-syarat untuk menjadi pemimpin di Pondok Pesantren Baitul Burhan adalah ikhlas dalam memimpin, arif dan bijaksana, serta diterima semua pihak. Dengan demikian, apabila seseorang dianggap telah memenuhi persyaratan yang telah ditetapkan, orang tersebut dianggap layak dipilih sebagai seorang pimpinan pondok. Walaupun Pondok Pesantren Baitul Burhan tergolong dalam pesantren salaf (tradisional), persyaratan untuk menjadi pimpinan di Pondok Pesantren Baitul Burhan tidak didasarkan atas garis keturunan sebagaimana berlaku dibanyak pesantren tradisional lain di Indonesia.
Mekanisme pemilihan pimpinan di Pondok Pesantren Baitul Burhan dilakukan melalui beberapa tahapan, dimulai penentuan dan penetapan tanggal pemilihan dan membuat undangan kepada pihak-pihak yang berhak memilih. Pada hari yang telah ditentukan, pemilihan dilakukan secara musyawarah dan mufakat serta pemimpin baru dipilih secara aklamasi. Setelah proses tersebut dilalui, tahap selanjutnya adalah penerbitan surat keputusan (SK) pimpinan yang baru oleh yayasan.
Jika diperhatikan, mekanisme pemilihan pimpinan di Pondok Pesantren Baitul Burhan, tahapan-tahapannya masih sederhana dan tidak memakan waktu lama. Menurut salah seorang guru senior, hal itu disebabkan eratnya rasa kekerabatan yang terjalin di antara para pengurus yayasan, guru-guru, dan para shahibul wilayah, sehingga segala sesuatu yang dimusyawarahkan dapat dengan segera diputuskan. Begitu juga dalam hal pemilihan pimpinan, figur seorang pemimpin yang akan dipilih biasanya telah diketahui bagaimana kelebihan dan kekurangannya, sehingga ketika diadakan musyawarah pemilihan pimpinan, terkadang pilihan tertuju pada sosok yang sama. Oleh karena itu, setelah nama salah seorang figur diusulkan, biasanya langsung disetujui secara aklamasi.
Dengan demikian, dapat dikatakan bahwa mekanisme pemilihan pimpinan di Pondok Pesantren Baitul Burhan hanya formalitas untuk mendapatkan legalitas formal dari sebuah pemilihan pimpinan. Pada dasarnya mereka telah mengetahui siapa yang akan mereka tunjuk sebagai pimpinan baru. Hal itu tentu saja tidak terlepas dari faktor kedekatan di antara mereka baik secara formal maupun emosional.
