Dengan dikeluarkannya Permendiknas No 17 tahun 2017, pemerintah yakni Mendikbud Muhadjir Effendy dalam wawancara yang dilakukan oleh  JPNN menegaskan Tujuan sistem zonasi, terang dia, ialah menghilangkan dikotomi antara sekolah favorit dan nonfavorit. Menghilangkan eksklusivitas dan diskriminasi sekolah. Dan berupaya menjadikan semua sekolah sama baiknya dari Sabang sampai Merauke. Sehingga dalam pendidikan tidak ada mindset dalam masyarakat terkait SMP-SMA Negeri unggulan, masyarakat seharusnya dapat mendukung program ini.
Tapi sebaik-baiknya program perlu disadari pasti memiliki kelemahan hal ini terjadi pada sistem zonasi ini. Dalam hal siswa, siswa yang memiliki potensi tapi karena keterbatasan sonazi bisa saja tidak diterima di sekolah yang dituju dan bersekolah di swasta tapi hal terjadi problem apabila dia keterbatasan finansial. Dalam aspek guru, apabila pemerintah hanya fokus pada siswa tanpa di imbangi dg penempatan guru-guru profesional di beberapa tempat yang membutuhkan maka program ini saya rasa akan blunder.
Sehingga ada beberapa masyarakat masih memperdebatkan terkait sistem zonasi ini, terkait pro dan kontra dalam pandangan pengamat pendidikan Darmaningtyas, sistem zonasi PPDB ini berpotensi melanggar undang-undang tentang Sistem Pendidikan Nasional, seperti yang diberitakan kompas dalam wawancaranya  "Penerimaan murid baru menjadi kewenangan sekolah, dengan kata lain kebijakan zonasi itu melanggar UU Sisdiknas yang seharusnya (aturan itu) dilakukan Kemendikbud".
Walaupun begitu sebenarnya ada hal positif yang terkandung dalam zonasi tinggal bagaimana kita merevisi Permendiknas terlebih pembatasan terkait kouta 90% siswa diwilayah zonasi dan 10% di luar zonasi.
Dalam permindiknas pesantren, sekolah swasta  dan SMK tidak terikat dengan dengan sistem ini maka bisa dikatakan, mereka di untungkan dalam aspek untuk memperbanyak siswanya dengan menawarkan fasilitas dan keunggulan dari sekolah tersebut karena kecenderungan orangtua maupun siswa akan mencari tempat pendidikan yang berkualitas.
ehingga apabila di sekolah negeri unggulan dia tidak diterima karena sistem zonasi maka mereka akan memilih sekolah yang kualitasnya hampir sama dg sekolah yang dituju. Tapi yang dikhawatirkan dari tidak terikat nya sekolah swasta dalam sistem ini akan memunculkan masalah baru yaitu komersialisasi pendidikan, sehingga pendidikan yang merupakan hak pokok yang harus diberikan kepada masyarakat malah tidak diberikan.
