Pasukan didikan Westerling ini muncul lagi dalam kudeta Westerling pada 23 Januari 1950, disini Westerling menjadikan bekas bawahannya itu sebagai tulang punggung kudetanya yang kemudian gagal itu. Tidak sulit Westerling mengajak bekas anak buahnya itu. Selain karena gila bertempur, kharisma Westerling dalam pasukan itu begitu besar. Setelah pemberontakan Westerling gagal, bvanyak sisa-sisa pasukan khusus Belanda menuju Ambon dan memulai sebuah petualangan, yang mungkin saja sereu untuk bekas prajurit komando Belanda itu. kehadiran mereka lalu merepotkan TNI dalam menumpas RMS-nya Soumokil.
Banyak bekas anggota RST yang terlibat dalam pemberontakan APRA Westerling di Bandung dan Jakarta pada 23 Januari 1950—mereka menjadi tulang punggung gerakan Westerling untuk memukul pasukan TNI. Walau pemberontakan itu gagal, namun kondisi Jakarta dan Bandung sebelum dan sesudah 23 Januari jelas mencekam. Selain pasukan baret dari RST terdapat juga pasukan KNIL dan milisi-milisi kurang terlatih bentukan Jenderal Spoor.
Ketika pemberontakan pasukan APRA Westerling berjalan, pasukan APRA yang datang dari Batujajar sudah bersiap di sebuah rumah dijalan Kramatlaan 20. Jumlah mereka yang terlibat dalam gerakan ilegal buatan Westerling ini adalah 100 orang prajurit RST. Tidak semua anggota RST itu bisa mencapai Jakarta karena beberapa diantaranya telah disergap Batalyon TNI dari Divisi Siliwangi pimpinan Sujoto di Cianjur.
Dalam pemberontakan ini aksi RST tidak begitu mampu memperkuat kudeta Westerling yang gagal ini. Setelah pemberontakan ini selesai, banyak bekas RST yang diadili oleh Pengadilan Militer Belanda. Selain bekas RST yang berjumlah 140 orang itu, terdapat pula 160 pasukan dari Pre Federal Batallion—milisi bentukan Spoor di Jawa Barat semasa Revolusi. Mereka lalu dipenjarakan di pulau Onrust dan Edam—yang terletak di kepulauan Seribu, utara kota Jakarta. Desertir itu diangkut dengan truk militer Belanda ke pelabuhan Tanjung Priok dan dikawal Polisi Militer Belanda.
Peristiwa Westerling di Bandung dan Jakarta telah mencoreng wajah Pemerintah Belanda. Pasca peristiwa, banyak hujatan ditujukan kepada Belanda di Indonesia. Petinggi militer Belanda terbukti tidak mampu mengawasi anak buahnya untuk tidak membuat kekacauan setelah Pengembalian Kedaulatan dari Belanda ke Indonesia. Kendati terlatih, dimata pers media awal 1950an dan petinggi militer RI, sebagian pasukan RST maupun KNIL rupanya tidak memiliki disiplin yang baik sebagai seorang prajurit. Bergabungnya pasukan RST itu dengan Westerling juga tidak akan mendapat kemenangan sama sekali, tujuan pasukan itu adalah petualangan. Parahnya lagi, pengawasan perwira Belandasangat kurang—karena tidak lagi peduli dengan keadaan—maka di KNIL juga di RST tidak lagi terkendali dan berbuat kerusuhan diluar tangsi mereka. Mereka mungkin hanya akan tunduk kepada Westerling—namun bekas Kapten Komando Belanda ini menghilang sehingga mereka semakin tidak terkendali dan tanpa arah di akhir kudeta Westerling yang gagal itu.
Bekas RST didikan Westerling juga telah menunjukan kehebatannya ketika berada di Ambon. Di Ambonm, bekas RST itu menjadi tulang pungggung RMS ciptaan Soumokil itu. Sebelum pemberontakan meletus, di Ambon telah kedatangan dua macam pasukan Baret. Pertama pasukan Baret Hijau yang dipimpin oleh D.J. Samson; kedua pasukan baret merah yang dipimp[in oleh Thomas Nussy.
Pasukan-pasukan ini adalah sekelompok orang-oarang yang mengalami disorientasi setelah Pengembalian Kedaulatan berdasarkan keputusan KMB. Pasukan komando Belanda ini tidak memiliki bayangan pasti bagaiman masa depannya nanti. Ditengah kebimbangan mereka di Ambon, mereka memiliki sikap tidak jelas, tidak pro republik tapi juga tidak mau tunduk pada pemerintah kolonial.
Beberapa bekas pasukan khusus KNIL dari Baret Hijau datang di kota Ambon pada 17 Januari 1950. Mereka berada dibawah pimpinan Samson. Sebagai pasukan khusus Belanda dan bersenjata, mereka memperlihatkan sikap yang tidak ramai pada penduduk Ambon. Mereka seolah ingin menjadi warlord. Pada 22 Januari 1950, beberapa orang Ambon yang baru saja keluar dari KNIL di Jawa datang ke Ambon berbuat ulah di Ambon. Mereka disertai beberapa anggota KNIL yang masih aktif di Ambon kemudian terlibat sebuah bentrokan dengan pemuda-pemuda pro republik.
Bekas pasukan baret hijau juga tidak jarang melakukan peganiayaan pada pemuda pro republik. Pada kerusuhansebuah terjadi pada 22 Januari 1950 setidaknya 2 orang meninggal, 2 orang luka berat dan 15 lainnya luka ringan. Berdasar laporan resmi, kebencian menjalar begitu cepat di kalangan rakyat terhadap bekas KNIL tadi. Kondisi semacam ini tidak akan mampu menegakan kekuasaan Republik Indonesia di Ambon.
Di Ambon, sebenarnya ada bebebarapa satuan KNIL yang ingin bergabung dengan TNI. Masalah mereka adalah mereka tidak mengerti bagaimana prosedur untuk bergabung dengan TNI. Seorang Mayor TNI yang berasal dari Maluku bernama Wesplat berusaha memberi solusi. Dia mengirim sebuah surat yang dititipkan pada seorang wanita separus tua anggota PNI—yang tidak diketahui namanya—yang berangkat ke Ambon. Surat yang kemungkinan digandakan ini ditujukan pada beberapa komanda KNIL yang dikenal oleh Wesplat. Isi surat itu adalah prosedur bagaimana cara bergabung dengan TNI. Surat itu juga sampai kepada Samson pimpinan Baret Hijau juga Nussy pimpinan baret merah disana. surat itu juga disampaikan kepada Sopacua pimpinan KNIL disana.
Wanita anggota PNI ini berusaha menjernihkan pikiran bekas KNIL yang akan dibubarkan itu. Dengan berani wanita ini bertemu dengan pimpinan pasukan baret yang kenal kejam itu. Tanggal 13 Februari 1950, wanita ijni bertemu Nussy, pimpinan baret merah. Kepada Nussy, wanita ini bercerita banyak bagaimana stuasi politik dan militer di Jakarta pasca Pengembalian Kedaulatan. Lebih jauh, wanita ini menceritakan bagaimana gembiranya orang-orang di Jakarta ketika mendengar kabar ada beberapa bekas KNIL yang akan masuk TNI di Ambon. Keesokan harinya, Wanita ini didatangi oleh Sopacua yang memimpin KNIL. Sopacua bercerita bagaimana bimbangnya anggota KNIL untuk bergabung karena adanya juga hasutan dari kalangan KL disana. Diantara bekas komandan tentara Belanda Ambon itu, hanya Nussy yang paling terbakar setelah menerima surat dari Wesplat. Tanpa pikir panjang, Nussy langsung menurunkan bendera Belanda di markasnya, tangsi Victoria. Setelah itu meletuslah pemberontakan terhadap Belanda.
Nussy kemudian memerintahkan kepada anak buahnya yang baret merah mengepung markas tentara Belanda yang ada di Ambon. Setelah itu Nussy mengajak seorang kepala daerah untuk memberontak. Namun yang terjadi justru Nussy diajak bertemu dengan seorang Indo-Belanda reaksioner bernama Kainama yang menjadi Mayor KL. Darisini terjadi perundingan rahasia yang melibatkan Nussy, Kainama, Manuhutu juga seorang perwira Belanda. Darisini lahir keputusan “anti masuk APRIS dan anti berontak melawan Belanda”. Ketika perundingan berlangsung, anak buah Nussy tetap menembaki tentara Belanda. Orang-orang yang hadir dalam rapat rahasia itu lalu datang ke tangsi Victoria untuk memadamkan pemberontakan baret merah itu. Beberapa orang baret merah mau berhenti, namun beberapa yang ingin masuk TNI tidak mau melakukannya dan terus menembak di dalam kota dan mengancam pasukan KL dan orang-orang pro Belanda. Pemberontakan ini mereda dengan sendirinya pada 16 April 1950 karena arah pemberontakan mereka tidak jelas dan tidak mengerti bagaimana melanjutkan pemberontakan. Insiden ini terjadi sekitar 5 April 1950, beberapa hari sebelum proklamasi RMS.
Pemberontakan ini arahnya tidak jelas, karena prajurit bawahan Baret Merah pimpinan Nussy itu hanya menuruti perintah juga emosinya sehingga tidak bisa berpikir panjang. Pasukan Baret Merah yang berontak itu sebanarnya potensial untuk diperalat karena tidak mengerti situasi politik yang berkembang kala itu. Mereka kemudian dengan mudah mau terbujuk oleh Soumokil.
Menurut Izaal Lebelauw dalam bukunya Wat gebeurde er op Ambon tot 25 April 1951? –yang dalam bahasa Indonesia berarti “Apa yang terjadi di Ambon hingga 25 April 1951”—menyatakan bahwa bekas anak buah Westerling yang terdiri dari sekelompok Baret Hijau (pasukan Komando) yang dipimpin Sersan Nussy; sekelompok Baret Merah (pasukan paratroepen) pimpinan Corputty, sedang beroperasi di Ambon. Bekas pasukan baret gemblengan Westerling itu pastinya tidak kenal ampun seperti di Sulawesi Selatan 1946 dulu. Setiap orang pro Soekarno yang mereka temui akan bernasib malang, dipenjarakan bahkan ditembak mati. Menurut Labelauw, empat sersan KNIL—yaitu: Samson, Pattiwael, Kastanja, Pieters—pemegang masa depan RMS itu menyerah pada TNI setelah Ambon dikepung.
Ir. Manusama dalam bukunya, Istori-istori Maluku terdapat laporan rahasia mengenaiRMS dan Ambon yang mereka obrak-abrik. Di pulau Ambon, saat itu, ada dua kelompok militer yang tidak cocok satu sama lain. KNIL regular di Benteng Victoria disatu pihak dan bekas pasukan baret RST. Suatu kali terjadi bentrok antar mereka, Kapten In ‘t Veld yang dipukul oleh serdadu baret RST lalu melarikan diri. Antara dua pasukan itu, diakhir sejarah KNIL, tidak lagi memiliki disiplin layaknya pasukan regular. Mereka semakin tidak terkendali. Mereka mengalami kekacauan pimpinan, yang satu tidak mau dipimpin oleh yang lain. Pangkat tertinggi dalan pasukan Belanda, termasuk KNIL itu, hanya dipimpin tiga bekas Adjudant yakni Sopacua, Tahapary dan Siwabessy. Serdadu KNIL lain tidak lebih dari Sersan mayor, sersan dan kopral. Mereka terus bersikap merasa paling tahu. Pemerintah sipil RMS yang seharusnya mereka turuti tidak lagi dihormati oleh panglima Samson, sebelum panglima RMS itu ditangkap TNI. Anggota pasukan baret juga tidak pernah mau menuruti panglima tertinggi RMS, mereka hanya mau tunduk pada komandan mereka saja, Sersan Nussy dan Corputty. Tidak solidnya koordinasi antara militer RMS itu, membuat mereka hancur terlebih dahulu sebelum mereka akhirnya dihabisi TNI yang datang dibawah komando Kolonel A.E.. Kawilarang.
Sebagai bekas pasukan komando Belanda, RMS jelas merepotkan pasukan TNI. Ketika TNI melakukan operasi penumpasan terhadap RMS di Maluku, TNI dibuat repot oleh pasukan RMS bekas pasukan baret Belanda itu. Jumlah pasukan RMS itu tidak banyak namun cukup merepotkan gerak pasukan TNI. Mereka rupanya bekas pasukan yang pernah dilatih oleh Westerling. Kawilarang juga mengakui: “Mereka mampu berpindah kesana-kemari untuk mengacau kedudukan lawan”. Kerepotan TNI harus mengorbankan beberapa perwira-nya, Letnan Kolonel Slamet Riyadi; Letnan Kolonel Sudiarto; Mayor Abdullah dan prajurit-prajurit lainnya.
Bekas pasukan baret Belanda jelas memiliki peran besar dalam RMS. Tidak heran bila beberapa pimpinan baret, baik merah maupun hijau, begitu ditakuti oleh orang-orang RMS. Bagaimana tidak, kehadiran pasukan baret saja sudah demikian menakutkan. Tidak memberi posisi yang baik pada pimpinan dua pasukan baret tadi jelas akan membawa masalah—terlepas mereka memang ada bakat dalam hal militer. Menurut propaganda RMS, terdapat 800 orang pasukan baret dari baret merah maupun baret hijau.
Mereka bisa menjadi potensi masalah sekaligus pendukung bagi RMS. Atas pertimbanmgan ini pula Soumokil dan pimpinan RMS lain untuk menjadikan dua pimpinan pasuian baret seperti Samson sebagai Panglima Tentara RMS dan Nussy sebagai Kepala staf. Soumokil tidak memiliki pilihan lain untuk dua posisi kunci militer RMS-nya. Hanya mereka yang paling paham diantara orang-orang RMS itu tentang militer. Walaupun dua orang tadi bisa jadi sosok yang menyebalkan sekaligus berbahaya bagi Soumokil sendiri.
Nussy sendiri adalah orang yang sering berhubungan dengan kelompok desersi militer. Nussy sering dipanggil oleh Westerling sebelum Desember 1949 di Bandung. Nussy sempat diajak Westerling untuk membujuk bawahan baret merahnya untuk masuk APRA—tidak lupa Westerling menawarkan sejumlah uang untuk hal itu. Nussy menolak tawaran Westerling. Ketika hendak pulang ke Ambon bersama 108 anak buahnya, Nussy sempat bertemu Andi Azis di Makassar. Oleh Andi Azis, Nussy dan anak buahnya diminta untuk tinggal saj di Makasar yang rusuh pada 5 April 1950. Kolonel Schotborgh, kemudian Soumokil, juga meminta hal yang sama kepada Nussy. Nussy tetap pada rencana pulang kampungnya dan tidak peduli dengan ajakan orang-orang penting di Makassar itu. Saat itu Westerling sedang melakukan gerakan kudetanya yang meletus pada 23 januari 1950 bersama pasukan APRA di Bandung dan Jakarta.
Beberapa hari kemudian, Nussy bertemu lagi dengan Soumokil yang membawa surat dari kopral Tomasoa—yang isisnya meminta Nussy agar membunuh orang-orang pro republik diantaranya adalah Weirizal dan Manuhutu. Hubungan Nussy dan Soumokil berlanjut ketika Nussy menjadi Kepala Staf Tentara RMS, dimana Soumokil memerintahkan kepada Nussy untuk mempertahankan pulau Seram dari serangan TNI, sampai titik darah penghabisan.
Gerakan TNI sulit karena pasukan RMS sering kali melakukan sniperfire—jelas ini akan mengancam nyawa pasukan TNI yang kurang berhati-hati. Setiap perlawanan dihentikan TNI, maka sisa-sisa pasukan RMS yang merasa terdesak itu menghilang ke hutan. Pada masa itu, TNI yang belum memilki pasukan komando sekelas pasukan baret Belanda jelas sangatlah sulit menghadapi RMS.
Bagaimanapun, dengan kemampuan komando yang baik, namun kejenuhan juga melanda bekas pasukan baret yang mengikuti gerakan RMS. Semakin lama gerakan mereka semakin terdesak oleh TNI. Amunisi dan logistik pasukan juga semakin lama-semakin berkurang. Dengan sukarela mereka akhirnya menyerah pada TNI. Mereka memang pasukan Komando yang tergolong jago berperang di hutan, namun mereka bukan pasukan gerilya seperti Che Guevara yang mampu bergerilya begitu lama di hutan.
