Pemilihan ikan merupakan kunci kesuksesan sistem akuaponik. Ikan budidaya yang direkomendasikan untuk akuaponik yaitu:
- Ikan nila (Oreochromis niloticus).Pilihan populer dalam akuaponik karena sifat tahan banting, pertumbuhan cepat, dan toleransi terhadap berbagai kondisi air. Ikan nila sangat baik untuk dikonsumsi dan sebagai sumber nutrisi bagi tanaman.
- Ikan mas (Cyprinus carpio). Ikan mas ideal untuk sistem akuaponik yang lebih kecil atau untuk tujuan hias. Ikan mas mudah dirawat dan tumbuhn di berbagai kondisi air.
- Ikan lele (Clarias gariepinus). Ikan lele termasuk spesies kuat yang tumbuh dengan cepat dan tahan terhadap berbagai kondisi air. Ikan lele cocok untuk sistem akuaponik skala besar dan menyediakan sumber protein yang baik.
Faktor utama budidaya ikan yaitu pakan ikan. Jumlah pakan ikan dalam sistem akuaponik dibedakan dari jenis tanaman yang ditanam. Â Kuantitas pakan ikan:
- Untuk sayuran daun, 40 - 50 g pakan per m2 per hari.
- Untuk sayuran buah: 50 - 80 g pakan per m2 per hari.
Rasio tingkat pakan ikan merupakan penjumlahan dari tiga komponen terpenting dalam sistem akuaponik, yaitu jumlah pakan ikan per hari (dalam gram), jenis tanaman (sayuran dan buah), dan luas lahan tanam (dalam meter persegi). Rasio ini dapat menentukan jumlah pakan ikan setiap harinya untuk setiap meter persegi tempat tumbuhnya tanaman.
Akuaponik sangat prospektif untuk dikembangkan di tempat dimana air dan tanahnya langka serta mahal, seperti di wilayah perkotaan, di daerah kering, padang pasir, serta pulau-pulau kecil.
Â
Ikan nila mudah beradaptasi di sebagian besar lingkungan karena tangguh dan memiliki pola makan yang beragam. Ikan niladapat bertahan hidup dengan memakan alga, cacing, serangga, dan bahkan ikan; sistem akuaponik komersial sering kali menggunakan makanan nabati, meskipun makanan tersebut tidak lazim dibandingkan pilihan lainnya. Ikan nila enak dan lezat untuk dikonsumsi.
Ikan nila menyukai kisaran suhu 28 30C tetapi dapat bertahan hidup di luar kisaran tersebut. Kisaran pH disukai ikan nila yaitu 6,5 - 9. Masa panen ikan nila antara enam hingga delapan bulan, tergantung ukuran yang diinginkan.
Ikan lele
      Ikan lele cocok untuk sistem akuaponik. Setelah beradaptasi dengan air, lele akan tumbuh secara cepat. Ikan lele mudah beraptasi karena dapat bertahan hidup pada lingkungan perairan tercemar.
Ikan lele menyukai kisaran suhu 24- 30C tetapi dapat bertahan hidup di luar kisaran tersebut. Kisaran pH disukai ikan nila yaitu 7-8,5. Masa panen ikan lele antara enam hingga delapan bulan, tergantung ukuran yang diinginkan.
