Ketika pertama kali terpilih sebagai Ketua Umum Pengurus Besar ( PB) Nahdlatul Ulama ( NU) pada Muktamar NU di Makasar tahun 2010 salah satu obsesinya yang muncul ialah ingin mendirikan 5 perguruan tinggi/ universitas milik NU.Diharapkannya 5 perguruan tinggi itu akan terwujud selama kepemimpinannya yang lima tahun itu.
NU memang secara tradisional sudah punya ratusan bahkan ribuan pesantren dan madrasah tetapi di bidang perguruan tinggi ataupun universitas ,organisasi yang didirikan tahun 1926 ini masih tertinggal.
Untuk mewujudkan cita citanya itu Said Aqil Siraj( SAS) mengunjungi pengurus wilayah NU pada tingkat provinsi dan juga pengurus cabang pada tingkat kabupaten / kota.Dalam pertemuan yang demikian ,Ketua Umum NU itu meminta agar jajaran NU mempersiapkan infra struktur yang dibutuhkan seperti gedung ,lahan maupun calon tenaga pengajar.
Ternyata sesudah lima tahun masa kepemimpinannya ,pada Muktamar NU di Jombang ,Agustus tahun 2015 ,SAS melaporkan sudah berdiri 27 Universitas / Perguruan Tinggi NU.
Hal tersebut berarti menunjukkan pencapaian itu sudah jauh melampaui dari target yang dipasangnya ketika terpilih di Makasar.Sampai sekarang ini NU sudah mempunyai 31 perguruan tinggi.
Seperti dimaklumi pada Muktamar NU di Jombang itu Said Aqil terpilih lagi sebagai Ketua Umum PB NU.
Dalam setiap kunjungannya ke daerah,SAS selalu membangkitkan optimisme warga NU untuk berbuat lebih banyak untuk NU,Islam dan Indonesia.
Kunjungannya ke daerah selalu menarik karena SAS juga punya bakat berorasi yang sangat baik sehingga ia mampu memukau pendengarnya.
Ia juga punya ingatan yang kuat sehingga dalam pidato tanpa teks ,sering pendengar berdecak kagum karena SAS mampu menguraikan silsilah nabi Muhammad SAW mulai dari ayahnya Abdullah,kakeknya Abdul Muthalib hingga berhubungan dengan nabi Adam AS.
Tanpa teks SAS juga mampu menguraikan silsilah keilmuan mulai dari nabi Muhammad SAW hingga sampai ke pendiri NU ,HadratusÂ
Syekh KH Hasyim Asy'ari.Seperti diketahui pendiri NU ini adalah kakek Gus Dur,Presiden ke-4 RI.
Kalangan NU juga menyegani Ketua Umumnya ini karena dikenal punya pengetahuan  ke- Islam -an yang mendalam serta memiliki wawasan yang luas.
Namun untuk sebahagian kelompok Islam yang lain ,SAS banyak dikecam karena dalam pandangan mereka Ketua Umum NU itu terlalu membela ke-Indonesia-an serta agak mengabaikan ke-Islam-an.
Kalangan yang demikian sering mempertanyakan apakah NU untuk Islam atau untuk Indonesia.
Kecaman yang paling keras terhadap Said Aqil dan NU terlihat sewaktu Aksi Aksi Bela Islam dalam halmana pimpinan NU tidak memberikan dukungan secara institusional terhadap aksi tersebut terutama Aksi 411 dan 212.
