Setelah meninggalnya Sultan Pajang ke III Prabu Wijaya atau Pangeran Benawa, pemerintahan Pajang menjadi kosong, dengan cerdas Danang Sutawijaya yang bergelar Senapati Ing Ngalaga merebut kekuasaan Pajang.
Karena seluruh nayaka dan kadang sentana Pajang sudah mengenal baik Sutawijaya, maka dengan mudah dan tanpa perlawanan, Pajang berada dalam genggaman tangan Senapati.
Dengan cepat dalam waktu yang sesingkat-singkatnya, tahun 1558 Masehi Senapati ing Ngalaga memproklamirkan diri sebagai penguasa Mataram, dan mengubah status politik Mataram yang tadinya tanah perdikan, kini menjadi Kasultanan, dan sebagai Sultan Mataram pertama adalah Senapati Ing Ngalaga.
Sedangkan kasultanan Pajang diubah statusnya dikembalikan menjadikan Kadipaten, dan menjadi bawahan Kasultanan Mataram. Adapaun bertindak sebagai Adipati Pajang yang baru adalah Pangeran Gagak Baning, adik dari Panembahan Senapati.
Meski demikian Senapati tidak mau menggunakan nama Sultan Mataram melainkan Panembahan Senapati. Hanya tiga tahun lamanya menjadi pendiri kerajaan Mataram baru, Panembahan Senapati meninggal dunia setelah menaklukkan kadipaten di brang wetan.
Sesudah ia meninggal (dimakamkan di Kotagede) , pada tahun 1601 Masehi, kekuasaan dilanjutkan oleh Mas Jolang yang bergelar Prabu Hanyokrowati. Pemerintahan Prabu Hanyokrowati tidak berlangsung lama karena pada tahun 1613 M, beliau wafat kecelakaan saat sedang berburu di hutan Krapyak. Karena itu ia juga disebut Susuhunan Seda Krapyakatau Panembahan Seda Krapyak .
Setelah itu tahta beralih sebentar ke tangan putra keempat Mas Jolang yang bergelar Adipati Martoputro. Ternyata Adipati Martoputro menderita penyakit syaraf sehingga tahta beralih ke putra sulung Mas Jolang yang bernama Mas Rangsang. Yang kemudian bergelar Sultan Agung Hanyokrokusumo atau lebih dikenal dengan sebutan Sultan Agung.
