Akhirnya pada 27 Januari 1981, tepat hari ini 41 tahun lalu, Pukul 12.45 WIB atau Pukul 13.45 WITA, Tampomas II tenggelam ke dasar Laut Jawa di sekitar perairan Masalembu. Perairan ini terkenal sebagai Segitiga Bermuda-nya Indonesia.
Kapten Abdul Rival adalah yang terakhir meninggalkan kapal, ia mengirim pesan kepada nakhoda KM Sangihe , "Tolong kirimkan saya air dan makanan, karena saya akan tinggal di kapal sampai menit terakhir". Pesan tersebut disampaikan melalui Bakaila, seorang awak KMP Tampomas II yang berhasil menyeberang ke  Sangihe . Namun permintaan tersebut tidak dapat dipenuhi oleh Agus K. Sumirat, nakhoda KM Sangihe.
Pria kelahiran Bengkulu 23 Agustus 1936 ini, bersama ratusan penumpang yang tak terselamatkan pun jadi korban tragedi Tamponas II nan nahas itu. Kapten Abdul Rivai memperkirakan hari Senin, 26 Januari 1981 Pukul 10.00 WIB kapal akan tiba di tujuan. Kisah tenggelamnya kapal itu ditulis Bondan Winarno dalam Neraka di Laut Jawa: Tampomas II tahun 1981 berdasarkan hasil reportase Sinar Harapan dan Mutiara.
Tim penyelamat memperkirakan 431 orang tewas (143 jenazah ditemukan dan 288 orang hilang bersama kapal), sementara 753 orang berhasil diselamatkan. Sumber lain menyebutkan angka korban yang jauh lebih besar, hingga 666 orang tewas. Dari catatan kapal tangker Istana VI berhasil menyelamatkan 144 penumpang Tampomas dan 4 jenazah, sementara KM Sengata menyelamatkan 169 orang dan 2 jenazah, kapal lain KM Sonne tercatat menemukan 29 jenazah termasuk jenazah Nakhoda KMP Tampomas II Kapten Abdul Rivai.
Odang Kusdinar, Markonis KM Tampomas II selamat, ia ditemukan bersama 62 penumpang dalam sekoci di dekat Pulau Duang-Duang Besar, 240 km sebelah timur tempat Tampomas tenggelam pada hari Jumat 30 Januari 1981 pukul 05.00 WITA.
Menteri Perhubungan Roesmin Nurjadin kepada awak media di kantor Departemen Perhubungan, mengatakan tidak terjadi hal yang abnormal di ruang mesin. Kelainan terjadi pada ruang geladak kendaraan, khususnya pada kendaraan roda dua yang terletak di sebelah belakang. Karena guncangan gelombang laut yang cukup kuat memungkinkan untuk timbul percikan api dan menyebar. Masinis III Tampomas II Wishardi Hamzah mengatakan bahwa Tampomas II tidak memiliki sistem pendeteksi asap.
Penyelidikan yang dipimpin oleh Jaksa Bob Rusli Efendi Nasution sebagai kepala Tim Perkara tidak memberikan hasil yang berarti, sebab semua kesalahan ditudingkan kepada para awak KMP Tampomas II. Ada kesan bahwa kasus ini dengan sengaja ditutup-tutupi oleh pemerintah saat itu, meskipun banyak suara dari parlemen yang menuntut pengusutan yang lebih serius. Belakangan setelah kasus ini terjadi, diketahui bahwa KMP Tampomas II sejatinya adalah kapal tua.Â
Berbagai pihak, termasuk Jepang sendiri menyatakan kapal ini afkir karena telah berumur 25 tahun. Namun, KMP Tampomas II lamgsung dipacu untuk melayani jalur Jakarta-Padang dan Jakarta-Ujungpandang yang memang jalur padat. Setiap selesai melaksanakan tugas pelayaran, KMP Tampomas II hanya diberi waktu istirahat 4 jam. Lalu, melanjutkan pelayaran.Â
KMP Tampomas II pada mulanya bernama MV Great Emerald diproduksi oleh Mitsubishi Heavy Industries di Shimonoseki, Jepang, tahun 1956. Ia tergolong jenis Kapal RoRo (Roll On-Roll Off), dan pernah dimodifikasi ulang (Retrofit) tahun 1971 di Taiwan. Ia mampu menampung 1250-1500 orang penumpang, dengan kecepatan maksimum 19.5 knot. Memiliki lebar 22 m dan Panjang 125,6 m. KMP Tampomas II dibeli oleh PT. PANN (Pengembangan Armada Niaga Nasional) dari pihak Jepang, Comodo Marine Co. SA seharga US$ 8.3 juta. Angka ini mengherankan beberapa pihak karena PANN ternyata pernah diberi tawaran kapal lain yang harganya hanya US$3,6 Juta.
KMP Tampomas II sempat dimodifikasi ulang pada 1971 sehingga bisa dipacu pada kecepatan 19,5 knot. Memorandum of Agreement (Moa) pembelian kapal tercatat pada 23 Februari 1980 dengan Junus Effendi Habibie alias Fanny Habibie, adik B.J. Habibie, bertindak sebagai Ketua Steering Committe (SC) pembeliannya. Tapi ia menampik bertanggung jawab adanya dugaan kasus korupsi pembelian Kapal Tampomas II.
