Penyusunan APBD merupakan satu tugas penting bagi pemerintah daerah, karena anggaran yang akan dibuat pastinya mempengaruhi kondisi masyarakat untuk seterusnya, tapi tidak bisa ditolak, dalam penyusunannya, APBD sering mendapati banyak masalah. Permasalahan permasalahan APBD ini bukanlah masalah masalah baru, melainkan permasalahan yang sering terjadi di beberapa tahun dan sering kali juga terus terulang, jika tidak diambil tindakan evaluasi dan perubahan dengan segera, maka akan mengakibatkan masalah dan akan merugikan masyarakat. Oleh karena itu sudah seharusnya ini menjadi tanggungan jawab dan harus menjadi perhatian bersama, terutama untuk Pemerintah daerah. Â
Menurut Ahmad Erani Yustik, salah satu permasalahan pokok APBD dan dalam kasus yang sama, juga APBN adalah terjadinya defisit atau pengeluaran anggaran lebih banyak dari pemasukan yang menghasilkan tidak seimbangnya pengelolaan keuangan, dan dampaknya akan menjadikan tidak maksimalnya pemanfaatan APBD. Beberapa pengalokasian dana juga terlihat timpang jika lebih banyak anggaran yang dialokasikan untuk pembangunan tetapi alokasi pada tenaga kerja mayoritas, seperti anggaran sektor pertanian dan industri cenderung kecil.
Mementingkan pembangunan infrastruktur sebagai pengembangan daerah itu penting, tetapi dengan mayoritas masyarakat pekerja dan tani, sektor industri dan pertanian juga harusnya mendapatkan perhatian lebih, terutama pada pengembangan teknologi yang sumbernya bukan lain dari pengalokasian anggaran tersebut.
Di beberapa catatan media online, telihat beberapa permasalahan lain yang sering muncul dalam pembentukan APBD. Dalam tiap tahun, beberapa pemerintah daerah didapati telat dan  lamban saat penyusunan anggaran keuangan. Jika tindakan ketidak disiplinan seperti ini terlihat seperti hal sepele, itu merupakan asumsi yang salah. Molornya pengumpulan anggaran keuangan pada tiap daerah akan memundurkan juga jadwal evaluasi yang dilakukan pada Pemprov. Dampak lanjutannya, anggaran yang harusnya bisa disalurkan lebih awal untuk anggaran pembangunan dan pelayanan publik juga akan mundur menunggu ketetapan APBD. Pastinya hal seperti ini akan merugikan rakyat. Contoh kasus seperti ini, didapati pada rancangan KUA dan PPAS melebihi waktu dari jadwal yang seharusnya disampaikan kepala daerah kepada DPRD yakni pertengahan bulan Juni tahun anggaran berjalan. Demikian pula, draf RAPBD yang semestinya sudah harus diserahkan ke DPRD pada pekan pertama Oktober untuk dibahas.
Mengapa APBD sering terlambat? Ada beberapa hal yang memungkinkan menyebabkan telatnya pemda dalam pengerjaan APBD. Terjadinya formalitas belaka pada proses perencanaan. Forum yang semestinya bisa mengakomodasi kepentingan masyarakat termasuk berbagai kepentingan politik mendapati kurang mendapat perhatian, karena sebagian besar lebih tertarik pada tahap penganggaran. Sebab pada tahap penganggaranlah perhitungan biaya mulai dibahas. Akibatnya rencana kegiatan yang telah dibuat haruslah dibahas ulang di tahap penganggaran yang seringkali lama karena mulai muncul transaksi politik. Alasan lain yang memungkinkan adalah dilemanya DPRD pada pengambilan keputusan adalah memasukkan masalah pribadi saat pengambilan keputusan, dampaknya bingung untuk memilih, apakah keputusan yang mendahulukan rakyat dan mengesampingkan masalah pribadi dengan dampak ketegangan saat pembahasan dan menjadikan pembahasan bertele tele, atau menomorsatukan masalah pribadi dengan mengeluarkan anggaran yang tidak terlalu urgent untuk kepentingan rakyat. Â Â
Selanjutnya, prinsip efisiansi yang sudah ditulis pada Permendagri No 25/2009 tentang Pedoman Penyusunan APBD Tahun Anggaran 2010 telah menyebutkan untuk mencapai sasaran pembangunan, dalam penyusunan program dan kegiatan daerah wajib menerapkan prinsip-prinsip efisiensi. Namun dalam pengaplikasiannya, upaya efisiensi anggaran ini didapati sangan minim, dilihat dari beberapa pemerintah daerah yang banyak mengadakan pembahasan RAPD di luar daerah. Mungkin angka anggaran pembiayaan rapat di luar daerah ini cenderung sedikit ditimbang angka angka yang didiskusikan saat itu, tetapi upaya efisiensinya tidak ada, dibalik kesusahan ekonomi dan masyarakatnya, miris jika pemerintah menggunakan anggaran untuk diri sendiri dengan tidak bijak dan efisien, meskipun terhitung kebutuhan tetapi pemanfaatan anggaran dengan maksimal juga menjadi aspek penting dalam pembiayaan daerah.
Menambahi masalah diatas, keputusan pemakaian anggaran pemerintah ini sering kali didapati kurang berpihak kepada publik. Jika dilihat dari hak hak berupa anggaran yang diterima oleh pemerintah, bahkan bisa mencapai 60% - 70% dari anggaran, bagaimana tidak, selain gaji pokok, pegawai juga mendapatkan tunjangan, honor, uang lebur dan lain lain. Dan sisanya, anggaran untuk publik menjadi lebih sedikit. Masalah klasik dan dasar di negri ini bagi yang mempunyai kendali pemegang keputusan bertindak semena mena, kurangnya integritas, dan rasa mengambil untung sebanyak banyaknya setelah berupaya mendapatkan kursi dan selagi ada kesempatan, adalah penyakit mental busuk yang harus dibasmi terlebih dahulu pada mereka yang bertugas sebagai pengambil keputusan.
disamping hal-hal diatas, ada juga yang berpendapat bahwa, permasalahan penyusunan APBD bersumber pada Karena ketidakjelasan informasi besaran anggaran, proses Musrenbang kebanyakan masih bersifat menyusun daftar belanja kegiatan. Banyak pihak sering juga membuat usulan sebanyak-banyaknya agar kemungkinan usulan yang disetujui juga semakin banyak. Semakin banyak yang diusulkan semakin banyak harapan anggaran yang bisa didapatkan.
Meskipun banyak penyusunan APBD sering kali terkena kepentingan politik, namun aturan-aturan formal tetap harus dijadikan landasan, terutama prinsip dan kaidah normatifnya. Jika hal ini sungguh-sungguh dipedomani oleh eksekutif dan legislatif, niscaya APBD menjadi "alat intervensi" negara dalam mensejahterakan masyarakat, dan bukan justru menjadi sumber masalah.
Dalam menghadapi banyak masalah yang terjadi. Dibutuhkan upaya upaya untuk memecahkan masalah yang ada. Seperti perlu dilakukan inovasi dalam proses perencanaan, dengan demikian, pembahasan rancangan APBD dapat lebih terfokus pada besaran dana yang seharusnya dialokasikan dan tidak lagi terlalu terbebani dengan transaksi-transaksi politik yang tidak penting.
Lalu membangun komunikasi yang baik antar banyak pihak juga menjadi solusi, berupa dialog ataupun sosialisasi mengenai perencanaan dan penggunaan anggaran. Tujuannya, bukan lain untuk mengubah pandangan masyarakat yang berfokus pada anggaran ataupun uang, beralih fokus pada kinerja dan memfokuskan pada perencanaan yang menjawab permaslahan di masyarakat. Selain itu, solusi lain demi terbangunnya komunikasi yang baik, proses politik dalam penyusunan APBD jangan hanya menjadi arena interkasi antara DPRD dan pemerintah, tapi juga sebagai arena publik dimana ada transparansi dan akses bagi masyarakat untuk memperoleh informasi, berpartisipasi, dan mengkritisi proses tersebut.
