Reaksi transesterifikasi kemudian terjadi ketika katalis bereaksi dengan minyak dan alkohol, sehingga ester dan gliserol terpisah. Setelah transesterifikasi selesai, ester (biodiesel) dipisahkan dari gliserol dan sisa-sisa katalis. Biodiesel yang dihasilkan kemudian dapat digunakan sebagai bahan bakar alternatif yang lebih ramah lingkungan
 Manfaat penggunaan biodiesel bagi lingkungan sangat signifikan. Biodiesel menghasilkan emisi gas buang yang jauh lebih rendah dibandingkan dengan bahan bakar fosil, sehingga dapat membantu mengurangi polusi udara dan dampak negatifnya terhadap kesehatan manusia.Â
Selain itu, penggunaan biodiesel juga membantu mengurangi ketergantungan terhadap bahan bakar fosil yang jumlahnya semakin menipis, serta membantu mengurangi emisi gas rumah kaca yang berkontribusi terhadap perubahan iklim.
