Ada 3 dasar yang dipakai MPI secara garis besar, dasar-dasar tersebut meliputi yang pertama adalah Al-Quran, yang kedua adalah Hadist atau perkataan Rasulullah, dan juga peraturan-peraturan yang ada di negara kita yaitu negara Indonesia.
Berikut adalah penjelasan mengenai 3 dasar Manajemen Pendidikan Islam :
1. Al-Qur'an
Terdapat banyak sekali ayat-ayat/firman Allah yang ada didalam Al-Qur'an yang bisa menjadi pedoman atau dasar manajemen pendidikan Islam, ayat-ayat tersebut dapat ditelaah secara khusus dan mendalam sehingga dapat dipahami.
Sebagai contoh ayat Al-Qur'an yang bisa menjadi dasar Manajemen Pendidikan Islam adalah terdapat pada firman Allah QS. At-Taubah ayat 122 "Dan tidak sepatutnya orang-orang mukmin itu semuanya pergi (ke medan perang). Mengapa sebagian dari setiap golongan di antara mereka tidak pergi untuk memperdalam pengetahuan agama mereka dan untuk memberi peringatan kepada kaumnya apabila mereka telah kembali, agar mereka dapat menjaga dirinya." Dari ayat diatas dapat dipahami bahwa ayat tersebut menjelaskan bagaimana kita berprinsip dalam organisasi/berkelompok dan juga bagaimana kita menyusun suatu perencanaan untuk mencapai tujuan. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa Al-Quran menjelaskan betapa pentingnya Manajemen, termasuk manajemen pendidikan islam.
2. Hadist
Hadist adalah sumber ajaran kedua setelah Al-Qur'an, hadist juga merupakan sumber pengetahuan ajaran Islam dikarenakan penjelasan dari isi Al-Quran. Selain menjadi sumber pengetahuan ajaran Islam, hadist merupakan sumber dasar manajemen pendidikan islam. Dalam riwayat Ibnu Majah beliau mengatakan bahwa Rasulullah SAW pernah bersabda "barang siapa yang menyembunyikan ilmu maka Allah akan mengekangnya dengan kekangan berapi."
Hadist diatas merupakan sebuah pembuktian bahwa nabi memiliki perhatian yang besar terhadap ilmu pendidikan. Tidak hanya memiliki perhatian terhadap pendidikan, beliau juga memiliki perhatian terhadap manajemen seperti hadist yang diriwayatkan oleh Tabrani bahwa Rasulullah SAW pernah bersabda "Sesungguhnya Allah SWT sangat mencintai orang yang jika melakukan suatu pekerjaan dilakukan secara itqon.
3. Undang-undang atau peraturan-peraturan yang berlaku di Indonesia
UU Nomor 20 Tahun 2003 tentang sistem pendidikan Nasional dijelaskan dalam pasal 30 ayat 1 dan 2 bahwa  :
1). Pendidikan keagamaan diselenggarakan oleh pemerintah dan/atau kelompok masyarakat dari pemeluk agama, sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
