Stasiun Manggarai menyediakan lokasi khusus untuk layanan transportasi KA Bandara Soekarno-Hatta sejak tanggal 5 Oktober 2019. KA Bandara merupakan pilihan yang tersedia bagi penumpang KRL Commuter Line untuk melanjutkan perjalanan.
Pintu akses terletak di sisi barat pintu utama, di Jl. Saharjo I sehingga lebih dekat bagi para penumpang dan juga nyaman.
Pembangunan stasiun ini mengedepankan kenyamanan penumpang. Untuk menuju ke peron, tersedia eskalator dan lift bagi lansia dan difabel, sehingga tidak menyulitkan penumpang yang membawa barang bawaan yang besar dan berat.
Pintu menuju Stasiun KA Bandara terpisah dari pintu masuk untuk KRL dan KA Jarak Jauh. Dari peron 9 dan 10 penumpang tinggal tap out Commuter Line dan melanjutkan perjalanan dengan menggunakan KA Bandara setelah membeli tiket melalui Vending Machine dan POS (point of sales).
Pertimbangan pemilihan jalur tersebut tersebut karena pergerakan kereta yang sangat padat dan ramainya penumpang KRL Commuter Line transit pada jalur 7 Stasiun Manggarai. Maka akan lebih baik apabila pengaturan penumpang KA Bandara datang langsung ke Stasiun Manggarai tidak melalui pintu depan.
Pengaturan jadwal perjalanan tersedia tiap 30 menit sekali. Kereta pertama berangkat dari Stasiun Manggarai menuju Soetta pukul 05.10, dan kereta terakhir pukul 21.40. Sedangkan dari arah sebaliknya, kereta pertama berangkat dari Soetta menuju Manggarai pukul 06.20 dan kereta terakhir pukul 23.20.
Tersedia ruang tunggu yang nyaman untuk keluarga penumpang di bagian depan area entrance. Para penumpang bisa menggunakan KA Bandara di Stasiun Manggarai, yang menjadi stasiun sentral bagi seluruh perjalanan kereta api. Tersedia layanan transportasi yang hanya singgah di Stasiun Batu Ceper, Duri, dan BNI City.
