Ketika Menelaus kembali ke rumah dan menemukan Helen pergi, dia memanggil para pemimpin Yunani, yang bersumpah untuk mendukungnya jika perlu. Orang-orang Yunani mengorganisir sebuah ekspedisi hebat dan berlayar menuju Troy. Kedatangan mereka di Troy menandai dimulainya Perang Troya.Â
Selama perang, simpati Helen terbagi. Kadang-kadang, dia membantu Trojans dengan menunjukkan para pemimpin Yunani. Namun, di waktu lain, dia bersimpati dengan orang-orang Yunani dan tidak mengkhianati mereka ketika ada kesempatan untuk melakukannya.
Helen memiliki sejumlah anak di Paris, tetapi tidak ada yang selamat dari bayi. Paris meninggal dalam Perang Troya, dan Helen menikahi saudaranya Deiphobus. Setelah Yunani memenangkan perang, dia bersatu kembali dengan Menelaus, dan dia membantunya membunuh Deiphobus. Kemudian Helen dan Menelaus berlayar menuju Sparta.
Kehidupan kelak. Pasangan itu tiba di Sparta setelah perjalanan beberapa tahun. Beberapa cerita mengatakan  para dewa, yang marah dengan masalah yang disebabkan Helen, mengirim badai untuk mengusir kapal mereka ke Mesir dan negeri-negeri lain yang berbatasan dengan Laut Mediterania. Ketika mereka akhirnya tiba di Sparta, pasangan itu hidup bahagia, meskipun dengan beberapa pertimbangan, Menelaus tetap curiga dengan perasaan dan kesetiaan Helen.
Banyak cerita mengatakan  Helen tetap di Sparta sampai kematiannya. Tetapi yang lain mengatakan  dia pergi ke pulau Rhodes setelah Menelaus meninggal, mungkin diusir dari Sparta oleh putra mereka Nicostratus. Awalnya dia diberi perlindungan di Rhodes oleh Polyxo, janda Tlepolemus, salah satu pemimpin Yunani yang tewas dalam Perang Troya.
Namun, kemudian, Polyxo meminta Helen digantung untuk membalas kematian suaminya. Satu versi yang sangat berbeda dari kisah Helen mengklaim  para dewa mengirim patung, atau boneka, Helen ke Troy tetapi dia benar-benar menghabiskan tahun-tahun perang di Mesir.
Helen dan kisah-kisah tentangnya mengilhami banyak penulis kuno, termasuk penulis drama Yunani Euripides dan para penyair Romawi sampai reinterprestasi kontemporer.
