Khatam II merupakan kelanjutan dari program Khatam I yang dijalankan untuk menciptakan kader-kader tangguh guna dapat mengembangkan program-program padepokan. Melalui latihan senam pernafasan yang dikembangkan dari jurus-jurus pernafasan Khatam I tidak menutup kemungkinan jebolan Khatam UU memiliki kemampuan supranatural yang mumpuni.
Lulusan Khatam II akan punya tanggunjawab yang besar  dalam menjaga marwah padepokan. Dalam menjaga nama baik perguruan, harus menjadi barisan paling depan. Untuk itu sangat dilarang mengamalkan ilmu ilmu yang sifatnya tidak baik. Apapun alasannya. Karena semua Ilmu Padepokan akan dipelajarinya. Misalnya, saat mempelajari ilmu Santet, sifatnya hanya dipelajari tidak untuk digunakan untuk tujuan tujuan tertentu. Digunakan boleh hanya untuk mengobatinya saja.
Setiap selesai latihan diberikan materi pendalamam Khatam II. Di antaranya menceritakan sejarah berdirinya Padepokan Permana Suci. Padepokan pertama kali didirkan tanpa legalitas di sebuah Universitas di Bogor. Tempat Guru Besar Padepokan Permana Suci, Ki Untung Permana, menimba ilmu pada tahun 1993.
Saat itu jumlah murid sudah lebih dari ribuan dan tersebar di nusantara bahkan manca negara seperti Malaysia, Brunai Darussalam, Singapura, Hawai Amerika, dll. Namun kebanyakan mereka adalah murid lepas sehingga tidak ada ikatan kepada padepokan. Berbeda dengan para murid yang berlatih secara reguler.
Bagi para murid yang memantapkan diri belajar dan bergabung, maka harus melakukan Ikrar atau sumpah janji kepada padepokan. Ikrar merupakan satu itikad hati atau itikad bathin yang dikrenakan dengan dimensi supra natural. Artinya, jika nantinya ada pengkhianatan bukan dipenjara yang mengancam atau hukuman dari padepokan, tapi akan ada sanksi secara karma misalnya akan menuai kesialan, cilaka, atau kwalat. Â
Materi pendalaman Khatam II lainya juga mengupas tuntas tentang apa dan bagaimana tenaga dalam. Kemudian juga mengupas tentang ajian, mantra wara, kebathinan, dan untuk mencapai hukum sebab diajarkan tentang ilmu herbal atau ilmu tumbuh-tumbuhan yang mempunyai khasiat untuk penyembuhan dan kesehatan manusia. Â
Latihan jurus Khatam II dilakukan satu minggu dua kali dengan ketentuan satu kali dilakukan di Padepokan Permana Suci di Desa Dermasuci, Kecamatan Pangkah, Kabupaten Tegal, setiap hari Kamis malam Jumat (kecuali malam Jumat Kliwon dalakukan esok malamnya). Sementara satu kali lagi dilakukan di tempat kediaman masing -- masing, baik dilakukan secara kelompok maupun sendiri - sendiri.
Setiap murid wajib mengikuti tahapan ritual dan pelatihan. Karena belajar ilmu tanpa tahapan hasilnya akan mengecewakan atau bisa menimbukan korban, baik diri sendiri maupun orang lain. Beberapa pendapat mengatakan ada ilmu tertentu yang boleh dipelajari setelah usia 40 tahun. Namun sebenarnya tidak seperti itu. Hanya saja diperlukan kesiapan, kematangan, mentalitas dan energi tenaga dalam yang cukup di dalam tubuh. Di padepokan permasa suci siapapun orangnya bisa belajar ilmu-ilmu yang sifatnya klenik. Sehingga tidak ada istilah ilmu harus dipelajari setelah usia 40 tahun.
Setelah Khatam II selesai akan dilakukan ritual laku lampah atau tapa brata, dimana para murid Khatam II akan diperkenalkan dengan puasa pati geni, ngebleng, ngrowod, ngedan, mutih, dan lainnya. Tahapan ritual akan ditentukan dan dibimbing langsung oleh Guru Besar Padepokan Permana Suci.