Ketika Timor Timur akhirnya menjadi Timor Leste, umat muslim, khususnya yang berasal dari Indonesia, sempat mengalami pengalaman tidak mengenakkan terkait dengan status kewarganegaraan mereka. Pada tahun 2004 misalnya, meski di Pengadilan yang dipimpin hakim internasional, Emiliano dos Reis, mereka tidak dianggap melanggar Undang-undang Imigrasi dan Suaka nomor 9/2003, sekitar 247 warga muslim asal Indonesia tetap diusir secara paksa (deportasi) dan menggunakan kekerasan untuk keluar dari Timor Leste. Sayangnya ketika kejadian tersebut berlangsung, tokoh-tokoh HAM di Indonesia yang selama masa integrasi lantang bersuara justru terkesan diam saja.
Kini, enam tahun setelah pengusiran tersebut di atas, kehidupan umat islam di Timor Leste tampaknya mulai normal kembali. Hal tersebut setidaknya tampak dari ramainya sholat Jumat dan berjalannya sekolah yang dikelola pengurus masjid An Nur. Masyarakat Indonesia yang tinggal di kampong Alor pun sudah bisa menjalankan kegiatannya kembali seperti berdagang, dan sebagian diantaranya telah menjadi Warga Negara Timor Leste. Lebih jauh, mengutip omongan Presiden Pusat Komunitas Islam Timor Leste, Arief Abdullah Sagran, "Tidak ada intimidasi karena agama di Timor Leste meskipun kami minoritas." Semoga
