Transintegrasi Ilmu dalam praktiknya tidaklah mudah untuk dikembangkan. Ada banyak tantangan yang harus dihadapi. Hal yang tersulit adalah bagaimana mencari konten serta materi yang cukup untuk diajarkan. DImana materi tersebut didapat dari kedua ilmu, yakni agama dan sains. Ilmu agama yang luas terkait dengan akidah, tafsir, fiqih, dan lainnya harus digali dan dicari pokok serta inti dari ilmu-ilmu tersebut. Begitu juga sebaliknya terhadap ilmu sains. Hal yang menjadi sangat penting lainnya adalah, bagaimana menintegrasikan kedua ilmu tersebut, melihat sains dari sudut pandang agama serta menelaah ilmu agama dari sudut pandang sains. Tantangan dalam mencari rumuskan strategi yang paling tepat untuk menjadikan Transintegrasi Ilmu sebagai satu ilmu yang utuh memiliki ciri khas tersendiri yang dapat didiskusikan dan diperdebatkan.
Permasalahan yang lain sangat sulit untuk mencari Sumber Daya Manusia yang memahami kedua bidang ilmu, yakni ilmu agama dan ilmu sains. Sumber yang memahami agama dan sains, dapat menjadi patokan serta dapat memberi masukan dalam pengembangan Transintegrasi Ilmu, dengan pengetahuannya dibidang agama serta pengalamannya dibidang sains. Pengetahuan dikedua bidang ilmu akan sangat membantu dalam mengisi konten serta materi yang akan diberikan dalam konsep transintegrasi ilmu. Integrasi dari kedua bidang ilmu akan lebih mudah dilakukan jika dilakukan oleh satu orang yang sama.
Strategi lain yang dapat dilakukan adalah dengan mengumpulkan pakar dibidang masing-masing, baik bidang agama maupun bidang sains. Dilakukan diskusi dan telaah oleh pakar kedua pakar untuk menentukan materi apa saja yang harus diberikan dalam transintegrasi ilmu, serta menentukan seberapa dalam materi yang harus diberikan. Dengan cara ini akan terdapat kesulitan dalam mengintegrasikan kedua ilmu, dikarenakan para pakar agama belum banyak mengetahui ilmu-ilmu dalam sains, dan sebaliknya pakar sains kurang begitu dalam memahami ilmu agama. Dibutuhkan strategi yang lebih baik untuk menyatukan kedua ilmu tersebut, agar para pembelajar transintegrasi ilmu mampu berkembang dengan bekal dasar ilmu agama yang kuat serta pemahaman ilmu sains yang cukup.
UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi dengan Paradigma Transintegrasi Ilmu berupaya untuk menghasilkan lulusan yang memiliki pengerahuan agama dan sains yang cukup. Sehingga lulusan mampu bersaing dan beradaptasi dengan perkembangan zaman dengan tetap memegang teguh kaidah-kaidah Agama.
