“ARDRA” yang merupakan kepanjangan dari Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis merupakan suatu metode yang dapat digunakan untuk mengetahui informasi terkait tipe-tipe bakteri yang terkandung di dalam suatu limbah, melalui pendekatan molekuler. Metode ini memungkinkan kita untuk menilai secara cepat perubahan genotipe pada suatu komunitas sepanjang waktu, ataupun untuk membandingkan suatu subjek komunitas pada kondisi lingkungan yang berbeda. ARDRA merupakan metode pendeteksian bakteri yang didasarkan pada pencernaan endonuclease restriksi dari 16S rDNA bakteri yang teramplifikasi. Metode ini merupakan perpanjangan dari teknik Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), menjadi pengkodean gen subunit kecil ribosom (16S) (pen-S = satuan ribosom saat di-sentrifugasi). Teknik ini menyangkut amplifikasi (pembanyakan) enzimatik menggunakan DNA primer, langsung pada daerah yang dikonservasi pada bagian akhir dari gen-gen pada 16s ribosom dengan menggunakan enzim restriksi (enzim pemotong gen).
Agar dapat mengidentifikasi karakteristik suatu limbah, langkah awal yang harus ditempuh adalah mengolah limbah tersebut agar melaui suatu metode yang memungkinkan kita untuk mendapatkan komponen-komponen tertentu dari limbah yang kita butuhkan untuk dianalisis. Metode ini disebut dengan metode Waste water treatment plant (WWTP) yaitu suatu metode alternatif dalam upaya memanajemen lingkungan perairan dengan sistem eco-friendly. Wastewater treatment plantmenjadi suatu alternatif untuk menghilangkan kandungan-kandungan zat berbahaya yang terdapat pada air limbah sehingga pelepasan air limbah tidak membahayakan kesehatan manusia dan lingkungan.
Dalam aplikasinya ada beberapa metode yang digunakan dalam penerapan wastewater treatment plant yaitu preliminary treatment (proses penghancuran sampah padat dalam bentuk partikel besar), priamary treatment (proses penghancuran suspensi padat), secondary treatment (proses penghapusan kebutuhan oksigen yang diperlukan oleh mikroba), tertiary treatment (proses pemurnian air dari kandungan zat-zat anorgnik seperti posfor dan zat-zat lainnya), serta tahap pembenahan padatan, yaitu proses pengumpulan, stabilisasi, dan proses pengeluaran padatan.
Pada pelaksanaan metode WWTP, pengaplikasian ARDRA terjadi dalam tahap pembenahan kedua/secondary treatment. Pada tahapan wastewater treatment plant ini dilibatkan pula agen biologis berupa mikroba yakni bakteri yang berfungsi untuk mencerna polutan yang tersisa. Proses yang melibatkan bakteri ini disebut activated sludge. Bakteri yang terlibat dalam proses ini dapat diidentifikasi menggunakan suatu metode bernama Amplified ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA), yakni analisis DNA yang menggunakan 16s r-DNA sebagai primer atau penanda khusus bagi bakteri, sehingga komunitas bakteri yang terlibat dalam tahapan secondary treatment ini dapat diketahui. Sampel yang didapat dari tahapan WWTP akan disimpan dalam suatu metode standar penilaian kondisi air dan limbah perairan. Selanjutnya, 50 ml DNA sampel akan dipurifikasi dan dianalisis menggunakan protokol phenol-chlorofom, untuk mengeliminasi protein, garam, dan moleklul-molekul organik kecil yang dapat menghambat proses penganalisisan gen-gen dalam DNA tersebut. Setelah dimurnikan, DNA akan diperbanyak melalui metode amplifikasi DNA yang disebut PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menggunakan 16S rDNA sebagai agen amplifikasi. 16rDNA merupakan potongan DNA primer yang memiliki kemampuan untuk menginisiasi amplifikasi enzimatik dalam keperluan filogenetik dan taksonomik keanekaragaman bakteri. Melelui amplifikasi ini, kita dapat membandingkan potongan-potongan rRNA tersebut untuk menyelidiki hubungan filogenetik (kekerabatan) dan evolusioner diantara bakteri-bakteri yang ditemukan pada limbah. Hubungan kekerabatan tersebut baru dapat kita ketahui setelah potongan DNA yang telah diperbanyak tersebut mengalami proses elektroforesis dan dianalisis dengan menggunakan numerical method, yaitu suatu metode penganalisisan kuantatif hubungan kekerabatan suatu organisme dengan meniliki karakteristik pembeda dan persamaan antar organisme tersebut.
Instalasi wastewater treatment dan pengaplikasian metode ARDRA sangatlah baik diterapkan pada industry-industri besar di dunia, khususnya di Indonesia. Terlebih jika mengingat manfaat yang dapat kita peroleh dari pengaplikasiannya. Jika kita sudah tahu karakteristik dari bakteri-bakteri yang terdapat pada suatu limbah, tentunya kita akan lebih dapat mengetahui metode yang tepat untuk mengatasi limbah-limbah tersebut tanpa harus memberi dampak negatif pada lingkungan sekitanya. Jadi, tunggu apa lagi?
Sumber Utama: International Journal of Environmental Bioremediation & Biodegradation, 2014, Vol. 2, No. 4, 197-201
