Dengan sistem ini maka secara kualitas atau kemampuan, siswa jadi relatif tersebar di beberapa sekolah. Siswa pandai tidak terkonsentrasi di sekolah tertentu yang dianggap unggul, sementara siswa yang biasa-biasa saja pun tidak ter-stigma mendapat kursi di sekolah-sekolah "buangan".
Karena input siswa yang heterogen itu pula maka pihak sekolah pun, terutama guru, ikut dituntut untuk meningkatkan kualitas.
Guru yang terbiasa santai mengajar siswa yang cerdas, Â dituntut kreatif mengajar siswa yang kurang. Di sisi lain, guru yang terbiasa mengajar siswa yang kurang akan dipaksa untuk "belajar" lagi, agar mampu mengimbangi siswa-siswa cerdas yang kritis. Dalam hal ini peranan Musyawarah Guru Mata Pelajaran (MGMP) atau Kelompok Kerja Guru amat penting agar kualitas tenaga pengajar memenuhi standar minimal.
Sementara dari segi kuantitas, pembagian sekolah menurut zona wilayah tersebut diharapkan dapat mencegah penyebaran jumlah siswa yang tidak merata, karena  ada sekolah yang siswanya membludak sementara yang lain kekurangan.
Ada pun manfaat bagi siswa, penerapan zonasi ini bertujuan untuk menghindari perjalanan ke sekolah yang terlalu jauh, karena siswa akan belajar di sekolah yang terdekat dengan domisilinya.
Contoh kasus, menurut pengamatan penulis, ada keluarga yang begitu "fanatik" untuk menyekolahkan anak-anaknya di Jakarta, pokoknya harus di Jakarta! Akibatnya, siswa menghabiskan banyak waktu di perjalanan untuk pulang pergi ke sekolah karena rumahnya di Tangerang Selatan atau Bekasi.
Tentunya hal itu juga berefek menambah kemacetan.
Kecurangan menghancurkan dunia pendidikan
Setiap perubahan menuntut penyesuaian, begitu juga dengan implementasi kebijakan sistem zonasi PPDB.
Ada dua kelompok  masalah yang dihadapi: pertama, masalah bawaan atau kondisi khusus; kedua, masalah kecurangan atau fraud yang dilakukan pejabat publik, pihak sekolah, atau orang tua siswa.
Masalah yang pertama misalnya, di beberapa kota besar terdapat beberapa sekolah yang berada dalam satu lokasi sedangkan jumlah penduduk di sekitar tempat tersebut hanya sedikit. Hal seperti ini perlu pengecualian.
