Puputan Margarana adalah sebuah peristiwa sejarah perjuangan rakyat Indonesia dalam mempertahankan kemerdekaan yang terjadi di Desa Marga, Kecamatan Margarana, Tabanan, Bali.
Pada tanggal 2 dan 3 Maret 1946 Belanda mendaratkan kurang lebih 2000 tentara di Bali, disertai tokoh – tokoh Bali yang pro dengan Belanda.
Brigadir Jenderal (anumerta) I Gusti Ngurah Rai lahir di Desa Carangsari, Kecamatan Petang, Kabupaten Badung, Bali pada 30 Januari 1917. I Gusti Ngurah Rai merupakan tokoh yang memimpin pertempuran Puputan Margarana dan memiliki pasukan yang bernama Ciung Wanara yang akan melawan Belanda.
I Gusti Ngurah Rai berperan dalam menyusun strategi penyerangan dalam perang puputan Margarana, hingga akhirnya I Gusti Ngurah Rai mendapatkan gelar Pahlawan Nasional Indonesia oleh pemerintah pada tahun 1975.
Pada saat itu Letnan Kolonel I Gusti Ngurah Rai sedang berada di Jogja dan berkonsultasi dengan markas tertinggi TRI mengenai pembinaan Resimen Sunda kecil dan cara-cara menghadapi Belanda. Sekembalinya dari yogya, kesatuan-kesatuan resimennya sudah dalam keadaan terpencar.
Perkembangan situasi politik di pusat pemerintahan RI yang semakin kurang menguntungkan merupakan akibat dari perundingan Linggajati, yang menyatakan bahwa daerah kekuasaan de facto RI yang diakui hanya terdiri atas Jawa, Madura, dan Sumatra. Hal itu berarti bahwa Bali tidak diakui menjadi bagian dari RI.
Sementara itu Belanda sedang giat mengusahakan berdirinya suatu negara boneka di wilayah Indonesia bagian timur. Letnan Kolonel Ngurah Rai dibujuk oleh Belanda untuk bekerja sama, tetapi ajakan tersebut ditolak mentah-mentah. Ketika merasa kekuatannya tela tercukupi, pada tanggal 18 November 1946 Ngurah Rai mulai melakukan penyerangan kepada Belanda. Tabanan digempur dan dia berhasil dengan menyerahkan detasemen atau satuan polisi lengkap dengan senjatanya.
Seluruh kekuatan Belanda di Bali dan Lombok lengkap dengan pesawat terbang dikerahkan Belanda untuk menghadapi pasukan Ngurah Rai. Karena kekuatan pasukan yang tidak seimbang dan persenjataan yang kurang lengkap, akhirnya pasukan Ngurah Rai terkalahkan dalam pertempuran “puputan” (habis-habisan) di Margarana, sebelah utara Tabanan. I Gusti Ngurah Rai gugur bersama anak buahnya pada tanggal 20 November 1946.
Gugurnya Letnan Ngurah Rai telah melicinkan jalan bagi usaha Belanda untuk membentuk apa yang dinamakan “Negara Indonesia Timur”
