Kabupaten Pati yang diapit Gunung Muria dan pegunungan karst Sukolilo ini menjadi salah satu penyebab banjir. Air hujan dari dua pegunungan ini akan melewati Kabupaten Pati. Berdasarkan Indek Resiko Bencana Kab/Kota yang dirilis Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB) pada tahun 2014, Kabupaten Pati menempati peringkat 11 tingkat Provinsi Jawa Tengah sedangkan Nasional tingkat 156. Resiko bencana banjir Kabupaten Pati sepanjang sungai Juwana memiliki nilai yang tinggi. Salah satu penyebabnya adalah daya tampung sungai yang tidak mampu menampung air.
Wilayah yang sering terjadi banjir merupakan daerah dataran rendah terutama pada daerah-daerah sekitar aliran sungai. Sungai Juwana merupakan badan sungai yang mengalir di DAS Juwana. DAS Juwana sebagian besar berada di wilayah administrasi Kabupaten Pati, sebagian kecil masuk wilayah Kabupaten Kudus, Grobogan dan Blora. Sungai Juwana atau Silugonggo bermuara di Laut Jawa dan mengarah ke barat daya melewati Kecamatan Juwana, Jakenan, Pati Kota, Gabus, Kayen, dan Undaan Kabupaten Kudus. Banjir di daerah ini merupakan kiriman air dari Gunung Muria maupun dari perbukitan karst Sukolilo yang berada di selatan. Pada musim penghujan sungai-sungai yang masuk ke sungai Juwana sebagian besar airnya keruh (berwarna coklat) dan banyak membawa lumpur maupun tanah sehingga sedimentasi di mulut sungai menjadi besar yang pada akhirnya menyebabkan terjadinya banjir.
Banjir karena Faktor Alam
Wilayah Kabupaten Pati terbagi atas 3 relief daratan yaitu: 1). Lereng Gunung Muria, membentang sebelah barat bagian utara Laut Jawa dan meliputi wilayah Kecamatan Gembong, Tlogowungu, Gunungwungkal, dan Cluwak. 2). Dataran rendah membujur di tengah sampai utara Laut Jawa, meliputi sebagian Kecamatan Dukuhseti, Tayu, Margoyoso, Wedarijaksa, Juwana, Winong, Gabus, Kayen bagian Utara, Sukolilo bagian Utara, dan Tambakromo bagian utara. 3).PegununganKarst Sukolilo yang membujur di sebelah selatan meliputi sebagian kecil wilayah Sukolilo, Kayen, Tambakromo, Winong, dan Pucakwangi. Melihat keadaan topografi wilayah Kabupaten Pati yang sebagian besar merupakan dataran rendah maka daerah ini cukup potensial untuk menjadi daerah pertanian. Disisi lain dataran rendah  mempunyai potensi banjir yang besar.
Kabupaten Pati mempunyai sifat hidrologi yang sangat dipengaruhi oleh keadaan geologi Gunung Muria. Bentuk DAS Juwana yang bulat menjadikan air cepat terkumpul, walapun di sekitar kota Pati dan Juwana tidak hujan, jika curah hujan yang tinggi di Gunung muria maupun pegunungan karst Sukolilo maka potensi banjir akan terjadi karena air hujan akan turun gunung menuju sungai Juwana dengan 90 buah sungai yang tersebar merata di seluruh wilayah. Umumnya sungai-sungai di kabupaten ini berpola kipas atau pohon, dengan muara sungai pada umumnya ke laut Jawa. Sayangnya, pada musim kemarau, kebanyakan dari sungai-sungai yang ada mengalami kekeringan. Sedangkan pada musim penghujan, beberapa sungai justru meluap.
Banjir karena Faktor Manusia
Bicara soal lingkungan pasti menyinggung ekologi dan manusia didalamnya. Manusia memanfaatkan alam untuk memenuhi kebutuhan hidupnya. Dewasa ini pemanfaatan alam menerapkan pemanfaatan yang berkelanjutan. Banjir bukan hanya masalah ekologi yang rusak melainkan manusia juga menjadi penyebabnya.
Penebangan liar di pegunungan Muria dan pegunungan karst Sukolilo mengakibatkan fungsi daerah tangkapan air menjadi berkurang. Air hujan yang turun disekitar Pati akan langsung menuju ke daerah yang lebih rendah dengan membawa lumpur, hal ini dapat dilihat di sungai Juwana yang berwarna coklat.
Kebutuhan ekonomi, sosial budaya memberikan pengaruh terhadap tataguna lahan, walapun sudah diatur dalam Perda RTRW Kabupaten Pati. Perda belum mampu mengatur penataan ruang, dimana masyarakat dengan mudahnya menjual tanah pertanian untuk kegunaan lain selain pertanian seperti industri dan perumahan. Peralihan lahan pertanian menjadi industri dan perumahan jelas mengurangi daya resap air ke tanah. Disamping itu, masyarakat enggan menjadi petani tetapi justru menganggap menjadi buruh pabrik lebih sejahtera.
Permasalahan tambang batu di pegunungan karst Sukolilo memberikan kontribusi banjir yang terjadi. Karst Sukolilo merupakan pegunungan kapur yang berfungsi seperti sponsyang dapat menyimpan cadangan air dibawahnya. Banyak sumber mata air dan gua di sepanjang pegunungan karst Sukolilo.
Harmonisasi Alam dan Manusia