Pada tahun 1629 Mataram kembali mengirimkan pasukannya ke batavia. persenjataan pasukan yang kedua ini lebih lengkap dan di siapkan dengan cermat. Untuk memenuhi kebutuhan pangan, mereka mendirikan lumbung padi di daerah TEGAL dan CIREBON, akan tetapi , hal ini diketahui oleh VOC sehingga lumbung-lumbung padi tersebut di bakar oleh VOC.
Dengan di bakarnya lumbung-lumbung padi oleh VOC, tentara Mataram kembali mengalami kekurangan makanan. namun, semangat tentara Mataram tetap menyala . mereka bertekad kuat untuk mengusir VOC dengan melakukan serangan-serangan ke benteng-benteng VOC di Batavia. pasukan Mataram berhasil menghancurkan Benteng Hollandia, tetpi gagal melakukan pengepungan ke benteng Bommel. dalam pengepungan tersebut Gubernur Jendral VOC, J.P. Ceon, meninggal karena tersserang penyakit kolera
Pada tahun 1645 Sultan Agung wafat. pengganti-pengganti Sultan Agung tidak mampu melanjutkan cita-citanya. meskipun serangan-serangan tentara Mataram terhadap VOC mengalami kegagalan , Mataram menjadi perintis perlawanan pahlawan terhadap kekuasaan asing
