Organisasi siswa adalah hal yang lazim ada di sebuah lembaga pendidikan, tujuan sebuah organisasi adalah salah satu ajang melatih siswa dalam bersosialisasi dan berinteraksi sesama siswa di dalam maupun di luar sekolah, tujuan secara umum adalah melatih jiwa leadership siswa dalam berorganisasi. Jika disebuah pendidikan tingkat SMP atau SMA kita mengenal organisasi intern yang disebut OSIS . Maka di sebuah lembaga Sekolah Dasar mana pun kita tidak menemukan organisasi seperti osis ataupun yang lainnya karna melihat usianya yang masih terlalu kecil, tetapi tidak dengan Sekolah Dasar Islam di Kota Bekasi yaitu SDIT Gema Nurani.
Ya, nampaknya hanya di sekolah inilah sebuah organisasi tingkat sekolah dasar yang mempunyai sebuah organisasi unik yang dinamakan “Prefect Student”. Organisasi ini hampir mirip dengan organisasi OSIS yang mana dipimpin oleh seorang ketua yang disebut Presiden, wakil, sekretaris jendral, bendahara dan divisi-divisi lainnya. Organisasi ini pun dikelola secara demokrasi yaitu dari siswa untuk siswa yang mana dalam proses pemilihan anggota prefect student melalui tahap penyeleksian yang sudah ditentukan oleh guru yang menjadi penanggung jawab organisasi tersebut.
Dari sekian ratus siswa kelas 4, 5 dan 6 yang mengikuti seleksi hanya 26 siswa yang lolos menjadi anggota prefect student. Setelah penyeleksian anggota prefect student, hal yang sangat penting adalah pemilihan Presiden Prefect Student. Dalam pemilu presiden ini seluruh anggota prefect menjadi BALON (bakal calon) yang kemudian menyampaikan visi-misi dihadapan dewan guru, melalui tahap tersebut maka terpilihlah calon presiden sebanyak 5 siswa.
Tanggal 7 september 2016 lalu baru saja pemilu presiden prefect student masa bakti 2016-2017, sebagai calon presiden No urut 1 atas nama Rafi Amza, No urut 2 M. Putra, No urut 3 Delphi Meutia, No urut 4 Zahra Fakhriyyatunnisa dan No urut 5 Keshia Aqila. Pencoblosan berlangsung selama 2 jam dimulai pada pukul 07.00 dan ditutup pada pukul 09.00 dan dilanjutkan dengan penghitungan perolehan surat suara.