Salah satu sifat hidrogen adalah memiliki kerapatan lebih rendah. Ini berarti harus diubah ke keadaan cair dan disimpan pada suhu yang lebih rendah untuk menjamin keefektifan dan efisiensinya sebagai sumber energi. Selain itu, hidrogen sangat mudah terbakar. Berbeda dengan bahan bakar minyak yang mempunyai bau yang kuat jika terjadi kebocoran, hidrogen memerlukan sensor khusus untuk mendeteksi karena tidak memiliki bau. Ini berbahaya jika terjadi kebocoran, api akan sangat cepat merambat.
 Dengan berbagai kekurangan yang ada, meskipun hidrogen merupakan salah satu sumber energi baru dan tidak akan pernah habis, penerapan energi ini dirasa masih sulit. Pengaplikasian bahan bakar hidrogen ini akan jauh lebih mahal dari segala sumber energi baru terbarukan yang lain. Kemudian penyesuaian sektor lain seperti mesin, penyimpanan, distribusi juga akan sangat sulit. Maka dari itu, sejauh ini sangat sedikit negara yang mengambangkan sumber energi ini. Masih sangat jauh sumber ini dapat diaplikasikan secara universal. Diperlukan penelitian dan inovasi yang mendalam untuk membuat energi ini murah, mudah diaplikasikan dan benar-benar aman.
www.esdm.go.id
