Seiring dengan perubahan budaya dan pemahaman akan keragaman gender, beberapa sekolah telah mulai menerapkan sistem gender sosial inklusi. Namun, sistem ini masih banyak kontravensi yang beredar dalam lingkungan sekolah maupun masyarakat.  Berikut ini beberapa pro dan kontra dari diterapkannya sistem tersebut :Â
* Pro :Â
1. Pembangunan Kesadaran : Bahwasanya sistem  gender sosial inklusi dapat membantu membangun kesadaran akan keragaman gender di kalangan siswa, guru, dan staf sekolah. Hal ini dapat menciptakan lingkungan yang lebih terbuka dan inklusif bagi semua individu, tanpa memandang perbedaan gender.
2. Mengurangi Stigma : Bahwasanya dengan mengakui dan menerima keragaman gender, sekolah dapat membantu mengurangi stigma yang sering terkait dengan identitas gender yang berbeda. Ini dapat menciptakan lingkungan yang lebih aman dan mendukung bagi siswa yang mungkin merasa terisolasi atau tidak diterima karena identitas gender mereka.
3. Mendorong Empati dan Penerimaan : Bahwasanya melalui pendekatan gender sosial inklusi siswa diajarkan untuk memahami pengalaman orang lain yang mungkin berbeda dari pengalaman mereka sendiri. Hal ini dapat membantu memupuk empati, penghargaan, dan penerimaan terhadap keragaman gender dalam masyarakat.
Kemudian selain pro yang mendukung diterapkannya sistem gender sosial inklusi juga terdapat kontra mengenai sistem ini .
* Kontra:
1. Ketidaknyamanan dan Perlawanan : Bahwasanya beberapa orang tua, siswa, dan staf sekolah mungkin merasa tidak nyaman atau bahkan menentang sistem inklusi gender sosial karena perubahan budaya yang dibawa olehnya. Hal ini dapat menyebabkan ketegangan dan konflik di dalam sekolah.
2. Penolakan Nilai Tradisional : Bahwasanya sistem gender sosial inklusi sering kali menentang nilai-nilai tradisional yang telah lama dipegang oleh beberapa individu atau kelompok dalam masyarakat. Ini dapat menyebabkan resistensi terhadap perubahan dan perdebatan tentang apa yang dianggap sebagai norma atau nilai-nilai yang benar dalam pendidikan.
3. Kesulitan Implementasi : Bahwasanya menerapkan sistem gender sosial inklusi dapat melibatkan tantangan praktis, seperti penyesuaian kebijakan sekolah, fasilitas, dan kurikulum. Hal ini memerlukan komitmen, sumber daya, dan dukungan yang cukup dari semua pihak terkait.
Meskipun terdapat pro dan kontra dalam menerapkan sistem  gender sosial inklusi di sekolah, sangat perlu untuk diingat bahwa tujuan dari diterapkannya sistem tersebut adalah menciptakan lingkungan pendidikan yang inklusif, aman, dan mendukung bagi semua siswa, tanpa memandang identitas gender mereka. Semua sistem yang diterapkan di sekolah akan berhasil tergantung bagaimana pengelolaan dan implementasi dari pihak sekolah dan tetap memperhatikan kondisi dari siswa maupun pihak-pihak yang mendukung atas suksesnya sistem di sekolah.
