Sejarah dalam sebuah lembaga tidak dapat dihindari dan tidak dapat dilupakan. Setiap lembaga atau organisasi memiliki sejarah yang berbeda. Salah satunya adalah sejarah berdirinya lembaga Departemen Agama yang saat ini menjadi lembaga Kementerian Agama, berikut penjelasannya.1
Bangsa Indonesia adalah bangsa yang religius. Hal tersebut tercermin baik dalam kehidupan bermasyarakat maupun dalam kehidupan bernegara. Di lingkungan masyarakat terlihat terus meningkat kesemarakan dan kekhidmatan kegiatan keagamaan baik dalam bentuk ritual, maupun dalam bentuk sosial keagamaan. Semangat keagamaan tersebut, tercermin pula dalam kehidupan bernegara yang dapat dijumpai dalam dokumen-dokumen kenegaraan tentang falsafah negara Pancasila, UUD 1945, GBHN, dan buku Repelita serta memberi jiwa dan warna pada pidato-pidato kenegaraan. Dalam pelaksanaan pembangunan nasional semangat keagamaan tersebut menjadi lebih kuat dengan ditetapkannya asas keimanan dan ketaqwaan terhadap Tuhan yang Maha Esa sebagai salah satu asas pembangunan. Hal ini berarti bahwa segala usaha dan kegiatan pembangunan nasional dijiwai, digerakkan dan dikendalikan olehkeimanan dan ketaqwaan terhadap Tuhan Yang Maha Esa sebagai nilai luhur yang menjadi landasan spiritual, moral dan etik pembangunan.
Secara historis benang merah nafas keagamaan tersebut dapat ditelusuri sejak abad V Masehi, dengan berdirinya kerajaan Kutai yang bercorak Hindu di Kalimantan melekat pada kerajaan-kerajaan di pulau Jawa, antara lain kerajaan Tarumanegara di Jawa Barat, dan kerajaan Purnawarman di Jawa Tengah. Pada abad VIII corak agama Budha menjadi salah satu ciri kerajaan Sriwijaya yang pengaruhnya cukup luas sampai ke Sri Lanka, Thailand dan India. Pada masa Kerajaan Sriwijaya, candi Borobudur dibangun sebagai lambang kejayaan agama Budha. Pemerintah kerajaan Sriwijaya juga membangun sekolah tinggi agama Budha di Palembang yang menjadi pusat studi agama Budha se-Asia Tenggara pada masa itu. Bahkan beberapa sisw a dari Tiongkok yang ingin memperdalam agama Budha lebih dahulu beberapa tahun membekali pengetahuan awal di Palembang sebelum melanjutkannya ke India.
Menurut salah satu sumber Islam mulai memasuki Indonesia sejak abad VII melalui para pedagang Arab yang telah lama berhubungan dagang dengan kepulauan Indonesia tidak lama setelah Islam berkembang di jazirah Arab. Agama Islam tersiar secara hampir merata di seluruh kepulauan nusantara seiring dengan berdirinya kerajaan-kerajaan Islam seperti Perlak dan Samudera Pasai di Aceh, kerajaan Demak, Pajang dan Mataram di Jawa Tengah, kerajaan Cirebon dan Banten di Jawa Barat, kerajaan Goa di Sulawesi Selatan, keraj aan Tidore dan Ternate di Maluku, keraj aan Banjar di Kalimantan, dan lain-lain. Dalam sejarah perjuangan bangsa Indonesia menentang penjajahan Belanda banyak raja dan kalangan bangsawan yang bangkit menentang penjajah. Mereka tercatat sebagai pahlawan bangsa, seperti Sultan Iskandar Muda, Teuku Cik Di Tiro, Teuku Umar, Cut Nyak Dien, Panglima Polim, Sultan Agung Mataram, Imam Bonjol, Pangeran Diponegoro, Sultan Agung Tirtayasa, Sultan Hasanuddin, Sultan Goa, Sultan Ternate, Pangeran Antasari, dan lain-lain Kementerian Agama adalah Kementerian yang bertugas menyelenggarakan pemerintahan dalam bidang agama. Kemenag merupakan lembaga keagamaan yang memiliki peran penting dalam penyelenggaraan urusan yang berhubungan dengan keagamaan. Usulan pembentukan
Kementerian Agama pertama kali disampai kan oleh Mr. Muhammad Yamin dalam sidang BPUPKI pada tanggal 11 Juli 1945, Muhammad Yamin mengusulkan bahwa perlu diadakannyakementerian yang istimewa yang berhubungan dengan keagamaan yang nenurutnya memberikan jaminan kepada umat Islam dan masjid, langgar, surau, wakaf yang di tanah Indonesia dapat dilihat dan dirasakan artinya dengan kesungguhan hati, namun usulan itu tidak begitu mendapat tanggapan. Pada sidang PPKI tanggal 19 Agustus 1945 usulan tentang kementerian agama tidak di sepakati oleh anggota PPKI, hanya 6 dari 27 anggota yang menyetujui didirikannya Kementerian agama. Keputusan untuk tidak membentuk Kementerian Agama dalam kabinet Indonesia yang pertama, menurut B.J. Boland, telah meningkatkan kekecewaan orang-orang Islam yang sebelumnya telah di kecewakan oleh keputusan yang berkenaan dengan dasar negara, yaitu Pancasila dan bukannya Islam atau Piagam Jakarta.
      Kemudian pada sidang pleno BP-KNIP pada tanggal 25-28 November 1945 bertempat di Fakultas Kedokteran UI Salemba usulan tersebut kembali di kemukakan, wakil-wakil KNIP Daerah keresidenan Banyumas dalam pandangan umum atas keterangan pemerintah kembali mengusulkan, agar dalam negara Indonesia yang sudah merdeka jangan hendaknya urusan agama hanya disambillalukan dalam tugas kementerian pendidikan, pengajaran dan kebudayaan atau departemen-departemen lainnya, yang kemudian usulan tersebut mendapat sambutan tanpa pemungutan suara pada tanggal 3 januari 1946 pemerintah mengeluarkan ketetapan No.1/S.D. yang berbunyi: Presiden Republik Indonesia, mengingat: Usul Perdana Menteri Dan Badan Pekerja Komite Nasional Pusat, memutuskan: Mengadakan Departemen Agama. Kementerian mengambil alih tugas-tugas keagamaan yang semula berada pada beberapa kementerian, kementerian agama sangat berperan dalam masalah masalah keagamaan baik dalam masalah perkawinan, peradilan agama, kemasjidan, urusan haji, hingga masalah yang berkenaan dengan pengajaran agama di sekolah-sekolah. Untuk meningkatkan pelayanan publik, kementrian agama menyelenggarakan fungsi. Kementerian Agama atau Kemenag mempunyai tugas menyelenggarakan urusan pemerintahan dibidang agama untuk membantu Presiden dalam menyelenggarakan pemerintah Negara, dalam membantu pemerintah dalam bidang agama tersebut kemenag mempunyai beberapa tugas dan juga fungsi untuk menjalankan kerjanya, dalam melaksanakan tugasnya Kemenag menyelenggarakan fungsi
a. Perumusan, penetapan, dan pelaksanaan kebijakan dibidang bimbingan masyarakat Islam, Kristen, Katolik, Hindu, Buddha, dan Khonghucu, penyelenggaraan haji dan umrah, pendidikan agama dan keagamaan
b. Koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi dilingkungan kementerian agama
c. Pengelolaan barang milik/kekayaan negara yang menjadi tanggung jawab kementerian agama
d. Pengawasan atas pelaksanaan tugas dilingkungan kementerian agama
e. Pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan kementerian agama di Daerah
