Referendum pun digelar pada 30 Agustus 1999. Namun sayang, hasilnya hanya sekitar 21 persen penduduk Timor Timur yang ingin tetap bersama Indonesia. Sisanya, mereka ingin merdeka.
Kalah dalam suara, dan tidak rela Timor Timur lepas dari NKRI, milisi pro Indonesia yang didukung Kopassus lantas memporak-porandakan segala macam infrastruktur di sana, banyak penduduk "Si Anak Hilang" yang dibunuh dan mengungsi.
Untuk mengakhiri kekerasan itu, PBB kembali campur tangan. PBB membentuk INTERFET yang terdiri dari 20 negara yang diterjunkan ke Bumi Lorosae.
Sedikit saja terjadi gesekan, maka perang terbuka antara pihak Indonesia dengan INTERFET tak terhindarkan lagi.
Timor Timur pun lantas diakui sebagai sebuah negara pada 20 Mei 2002.Â
Australia mengklaim sangat berjasa atas merdekanya Timor Timur yang kini berganti nama menjadi Republik Timor Leste, terutama seperti apa yang dikatakan PM nya John Howard.
